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huangll99

木虫 (职业作家)

[交流] 【已完结】如何计算macroscopic average

Siesta中有一个很好的tool-->macroave,可以用来计算一些与表面和界面相关的物理量。主要就是计算planar average 和 macroscopic average。
由于我对Siesta完全不懂，想要请教一下各位，Siesta中保存电荷密度和静电势的文件的格式是怎样的，如何把VASP中的CHGCAR 和 LOCPOT 的格式转换成Siesta中的格式，然后借助macroave这个工具来做分析

弄好了

[ Last edited by huangll99 on 2012-5-14 at 16:56 ]
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1楼 2012-05-13 09:19:14
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huangll99

木虫 (职业作家)
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  • 附件 1 : macroave.f
    • 2012-05-13 09:21:19, 21.24 K
  • 附件 2 : macroave.pdf
    • 2012-05-13 09:21:19, 68.42 K
2楼2012-05-13 09:20:47
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普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)
没人理，自己顶一顶

把LOCPOT 转换成PWscf中可以读的格式，然后借助average.f90这个小工具来处理有没有可行性呢，

请goldenfisher专家来帮帮忙  @goldenfisher

[ Last edited by huangll99 on 2012-5-14 at 08:27 ]
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3楼2012-05-14 08:15:20
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+1, 专家考核 2012-05-14 12:27:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by huangll99 at 2012-05-14 08:15:20:
没人理，自己顶一顶

把LOCPOT 转换成PWscf中可以读的格式，然后借助average.f90这个小工具来处理有没有可行性呢，

请goldenfisher专家来帮帮忙  goldenfisher

siesta我不太了解，没用过。 pwscf里面average.f90貌似是可以计算你自己说的系综平均的，你可以试试
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4楼2012-05-14 11:56:28
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huangll99

木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-14 11:56:28:
siesta我不太了解，没用过。 pwscf里面average.f90貌似是可以计算你自己说的系综平均的，你可以试试

谢谢指教。我读了average.f90的代码，是可以做的。主要是我不会用PWscf,看了一下PWscf的论坛，应该是用average.x来处理pp.x产生的文件。现在主要是不知道PWscf里面保存电荷密度和静电势的文件是什么，格式是什么样的。我再学习一下PWscf吧。
PS:我用average.f90主要是想处理静电势文件，计算异质节的能带带阶
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5楼2012-05-14 12:26:09
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huangll99

木虫 (职业作家)
哇哈哈，PWscf中的average.f90果然可以，就是不知道PWscf中的静电势文件里的这些内容是什么意思
                                                                           
      15      15     144      15      15     144       4       1
     6  5.42350901  0.00000000  6.36396103  0.00000000  0.00000000  0.00000000
       44.7046033528        4.0000000000       15.0000000000    11
   1   Al    3.00
   1       0.000000000    0.000000000    4.242640687    1
   2       0.500000000    0.500000000    3.535533906    1
   3       0.000000000    0.000000000    2.828427125    1
   4       0.500000000    0.500000000    2.121320344    1

传一张效果图


俺一个人自言自语，版主可不要给偶删帖啊



[ Last edited by huangll99 on 2012-5-14 at 13:09 ]
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6楼2012-05-14 13:03:44
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
huangll99: 金币+10, 非常感谢^-^ 2012-05-14 14:41:24
franch: 专家考核 2012-05-14 15:48:16
我不太明白你说的静电势在这里为何意？
存储电荷密度的文件就是pp.x计算后产生的.charge文件，就是pp.x计算的输入文件中命名的那个文件。
上面的意思就是什么格点数目啊，晶格常数啊，等等，这些基本的意思。
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7楼2012-05-14 14:25:22
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huangll99

木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-14 14:25:22:
我不太明白你说的静电势在这里为何意？
存储电荷密度的文件就是pp.x计算后产生的.charge文件，就是pp.x计算的输入文件中命名的那个文件。
上面的意思就是什么格点数目啊，晶格常数啊，等等，这些基本的意思。

average.f90这个程序既可以处理电荷密度的文件，也可以处理potential (我说的静电势就是把total potential 里的交换关联势去掉后的势),这两个文件的格式类似。
这几行的意思俺还没有搞懂，还需要学习，相信肯定能把VASP的文件转成这种格式
多谢 goldenfisher 专家指点了
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8楼2012-05-14 14:40:13
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
huangll99: 金币+10, 非常感谢^-^ 2012-05-15 17:11:59
看来LZ不喜欢多文件对比哦～其实查文件内容的规律是很有意思的一件事的。
检查Al.scf.in，可以看到，ibrav = 6，并且
CODE:
  celldm(1)   = 5.4235090117D0,
  celldm(3)   = 6.3639610306789276D0,

事实上，PWscf的celldm(i)有6个，不需要标明的是根据ibrav计算的，所以把ibrav和celldm(i)全列出来，就是：
CODE:
6  5.42350901  0.00000000  6.36396103  0.00000000  0.00000000  0.00000000

至于第一列，注意Al.scf.out中：
CODE:
FFT grid: ( 15, 15, 144)

以及Al.scf.in中：
CODE:
  ecutwfc     = 15.D0,
  nr3         = 144,

所以推测前面六个数字15      15     144      15      15     144分别是：nr1  nr2  nr3  nr1s  nr2s  nr3s（对FFT不熟悉，所以不保证推测正确）
第一列最后的4  1应该是四个原子，一种元素的意思。
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9楼2012-05-15 17:01:35
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huangll99

木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by souledge at 2012-05-15 17:01:35:
看来LZ不喜欢多文件对比哦～其实查文件内容的规律是很有意思的一件事的。
检查Al.scf.in，可以看到，ibrav = 6，并且  celldm(1)   = 5.4235090117D0,
  celldm(3)   = 6.3639610306789276D0,
事实上，PWscf的 ...



说的好清楚！谢谢souledge专家
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10楼2012-05-15 17:13:18
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，请问您的问题搞定了吗  能否分享一下
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11楼2012-10-30 12:45:10
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leonidasn

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同问楼主能否分享下呢？
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12楼2012-11-07 16:52:34
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光尘如水

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
偶也想做vasp的macroscopic average ，楼主指点一下呀
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13楼2013-07-01 16:54:39
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fyuewen

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我不知道楼主最终是以何种方式解决这个问题的，但是我个人觉得不能用average.x来处理。因为用这个的时候得需要用到pwscf里面的上一步pp.x处理得到的一些文件。没错。PWSCF中的CHARGE和VASP得出的LOCPOT简直是一样的，除了以上侯老师指出的部分，但是pwscf里面需要一个输入的in文件，这样可能就不易实现了。
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14楼2013-10-16 22:02:28
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vinbert

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
LZ，能传我一个计算macroscopic average potential的程序么？ 邮箱：vinberg.lee@mail.dlut.edu.cn
谢谢先～
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15楼2014-04-24 18:46:07
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luomin_zyj

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，macroscopic average怎么处理的，我也是VASP算LOCPO

怎么将LOCPOT转成Siesta的格式 ?x谢谢楼主
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16楼2016-05-30 14:48:54
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