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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助完毕】lev00-Plot density along a line
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助完毕】lev00-Plot density along a line

http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/node46.html

lev00_3.21是我所知的最新版，可以用来处理vasp5.2的结果。编译时注销LIB行可以运行。直接make一次生成可执行文件lev00就可以了。lev00可以直接调用处理结果，不必先运行do_param然后编译。处理电荷密度要删除POSCAR或者CONTCAR的元素符号行，要用哪个文件作为几何结构文件就修改哪个。

问：lev00 中Plot density along a line的选项。我希望用这个来处理差分电荷密度，希望得到Z轴方向电荷密度分布，水平方向需要求面内平均或者面内积分。lev00的Plot density along a line是怎么处理电荷密度数据的呢？

lev00处理电荷密度而不是计算电荷密度差的时候，需要把电荷密度文件保存为CHGCAR，而不能自己指定文件名，这个不太方便，不知道大家用的时候是什么感受。Plot density along a line的时候，线上的数据密度（number of electrons/Angstrom）多少比较合适？提供的官方链接没有说明和示例。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-19 at 15:43 ]
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1楼 2011-01-23 00:07:16
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liangpei

木虫 (职业作家)
哥们可以上传一个可以用的lev00么，急用！
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5楼2011-05-10 22:27:42
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by liangpei at 2011-05-10 22:27:42:
哥们可以上传一个可以用的lev00么，急用！

自己到官方网站下载，然后编译就行了。我下的不是windows版本的，是linux版本的。
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6楼2011-05-11 09:26:45
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dazao

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+3): 谢谢回复！ 2011-05-11 16:00:28
lev00 中Plot density along a line的选项。我希望用这个来处理差分电荷密度，希望得到Z轴方向电荷密度分布，水平方向需要求面内平均或者面内积分。lev00的Plot density along a line是怎么处理电荷密度数据的呢？


这个，你可以把CHGCAR拷成LOCPOT 然后再用处理功函数的小程序处理一下就能得到面平均电荷密度，但是要注意单位换算。CHGCAR的格式和LOCPOT的格式是一样的。
另外，lev00的的线电荷密度是怎么处理的我不清楚，我试过同一方向不同的起点，得到的数据不一样，在这等各位大侠指教。
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7楼2011-05-11 15:41:30
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
536612楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-01-23 00:07:16:
http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/node46.html

lev00_3.21是我所知的最新版，可以用来处理vasp5.2的结果。编译时注销LIB行可以运行。直接make一次生成可执行文件lev00就可以了。lev00可以直接调用处 ...

我安装成功之后，运行到这里，就出现这个错误，是怎么回事啊？
Give the name of the VASP geometry file:
POSCAR
Reading geometry from POSCAR ...
Wrong number of atoms in species!
Trying to read RWIGS from OUTCAR ...
... default values for RWIGS:
   0.86300
forrtl: severe (408): fort: (2): Subscript #1 of the array RWIGS has value 2 which is greater than the upper bound of 1

Image              PC                Routine            Line        Source            
lev00              0000000000623D7D  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              0000000000622885  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              00000000005D3900  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              000000000059131F  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              0000000000591722  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              000000000044B11F  get_rwigs_                269  read_vasp_geom.f90
lev00              000000000044CCA5  MAIN__                     85  lev00.f90
lev00              000000000040324C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000376381D994  Unknown               Unknown  Unknown
lev00              0000000000403159  Unknown               Unknown  Unknown
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8楼2012-04-21 13:46:17
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1607137楼: Originally posted by wangzg9292 at 2012-04-21 13:46:17:
我安装成功之后，运行到这里，就出现这个错误，是怎么回事啊？
Give the name of the VASP geometry file:
POSCAR
Reading geometry from POSCAR ...
Wrong number of atoms in species!
Trying to read  ...

可能是版本之间的兼容问题。

POSCAR里面的第七行元素符号删掉试试。
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9楼2012-04-21 13:49:40
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
搞定了，多谢
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10楼2012-04-21 14:14:01
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1607138楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-04-21 13:49:40:
可能是版本之间的兼容问题。

POSCAR里面的第七行元素符号删掉试试。

跟这个没关系，搞定了已经，谢谢，是我大意了
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11楼2012-04-21 14:23:42
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huangll99

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cen版，您问的问题解决了吗？我想算Z方向potential的变化，水平面内做积分
如图所示


[ Last edited by huangll99 on 2012-4-21 at 15:33 ]
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12楼2012-04-21 15:27:24
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1607146楼: Originally posted by huangll99 at 2012-04-21 15:27:24:
cen版，您问的问题解决了吗？我想算Z方向potential的变化，水平面内做积分
如图所示
http://cloud.mail.163.com/fsprev/proxy.do?uri=4869736999452453&filename=clip_image002.jpg&width=493&heig ...

解决了
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13楼2012-04-21 18:10:33
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huangll99

木虫 (职业作家)
引用回帖:
1607162楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-04-21 18:10:33:
解决了

求真相，怎么做的？
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14楼2012-04-21 18:12:47
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1607163楼: Originally posted by huangll99 at 2012-04-21 18:12:47:
求真相，怎么做的？

用vtotav工具。
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15楼2012-04-22 09:40:47
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
lev00似乎没有办法求面内平均。
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16楼2012-04-22 09:41:11
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
536612楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-01-23 00:07:16:
http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/node46.html

lev00_3.21是我所知的最新版，可以用来处理vasp5.2的结果。编译时注销LIB行可以运行。直接make一次生成可执行文件lev00就可以了。lev00可以直接调用处 ...

请问，这个新版本怎么安装？
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17楼2012-05-07 10:06:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1608759楼: Originally posted by kuangfg1987 at 2012-05-07 10:06:45:
请问，这个新版本怎么安装？

下载官方网站有安装方法。

linux版本。大概需要编译
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18楼2012-05-07 11:30:51
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spur

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在此基础上如何做macroscopic average electronic density？
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19楼2012-05-07 16:37:52
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sunnsi

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1607145楼: Originally posted by wangzg9292 at 2012-04-21 14:23:42
跟这个没关系，搞定了已经，谢谢，是我大意了...

麻烦您告诉一下，这个问题您是怎么解决的啊？我也碰到了一样的问题。
在OUTCAR读入时，显示：Number of species  =            0
然后在读入CONTCAR时，就会报这个错误。
我的计算中只有一个元素。
赞一下 回复此楼
20楼2012-08-31 17:16:27
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1618881楼: Originally posted by sunnsi at 2012-08-31 17:16:27
麻烦您告诉一下，这个问题您是怎么解决的啊？我也碰到了一样的问题。
在OUTCAR读入时，显示：Number of species  =            0
然后在读入CONTCAR时，就会报这个错误。
我的计算中只有一个元素。...

看一下你得Outcar文件中是不是有那么运行的提示信息，把这些信息删除就好了
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sunnsi
21楼2012-08-31 21:53:04
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sunnsi

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
1618905楼: Originally posted by wangzg9292 at 2012-08-31 21:53:04
看一下你得Outcar文件中是不是有那么运行的提示信息，把这些信息删除就好了...

多谢回复！！
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22楼2012-09-01 04:45:13
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dongdong33

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
进不去网页，lz能否给我发送一个 xiaodongzhu33@163.com
多谢了
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23楼2012-11-26 16:54:05
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wangjiang12

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangzg9292 at 2012-04-21 13:46:17
我安装成功之后，运行到这里，就出现这个错误，是怎么回事啊？
Give the name of the VASP geometry file:
POSCAR
Reading geometry from POSCAR ...
Wrong number of atoms in species!
Trying to read RW ...

我也遇到了一样的问题，请问如何解决的啊？
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24楼2014-06-03 20:08:47
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WDD880227

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
区长，你的问题“我希望用这个来处理差分电荷密度，希望得到Z轴方向电荷密度分布，水平方向需要求面内平均或者面内积分。lev00的Plot density along a line是怎么处理电荷密度数据的呢？”解决了吗？
看到楼上讨论的时候你说用vtotav工具来做，意思是不是将差分电荷密度文件CHARG_diff拷贝成POCPOT，然后再用这个小程序处理一下呢？
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25楼2015-09-15 08:49:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
25楼: Originally posted by WDD880227 at 2015-09-15 08:49:45
区长，你的问题“我希望用这个来处理差分电荷密度，希望得到Z轴方向电荷密度分布，水平方向需要求面内平均或者面内积分。lev00的Plot density along a line是怎么处理电荷密度数据的呢？”解决了吗？
看到楼上讨论 ...

是啊
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26楼2015-09-15 20:42:01
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WDD880227

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by dazao at 2011-05-11 15:41:30
lev00 中Plot density along a line的选项。我希望用这个来处理差分电荷密度，希望得到Z轴方向电荷密度分布，水平方向需要求面内平均或者面内积分。lev00的Plot density along a line是怎么处理电荷密度数据的呢？
...

请问把CHGCAR拷成LOCPOT 然后再用处理功函数的小程序处理一下就能得到面平均电荷密度，他们之间的单位换算是什么关系呢？
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27楼2015-09-16 15:21:07
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WDD880227

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
26楼: Originally posted by cenwanglai at 2015-09-15 20:42:01
是啊...

单位换算关系是什么呢？
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28楼2015-09-16 21:20:21
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小Ben呵呵

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，请问Plot density along a line得到的线纵坐标是多少呢？
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29楼2022-10-18 13:06:51
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小Ben呵呵

木虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by WDD880227 at 2015-09-16 21:20:21
单位换算关系是什么呢？...

楼主，请问Plot density along a line得到的线纵坐标是多少呢？
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30楼2022-10-18 13:08:37
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简单回复
sg184089262楼
2011-01-23 11:27   回复  
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia(金币-1): 求助帖禁止纯表，谢谢理解 2011-01-27 10:00:59
cenwanglai3楼
2011-01-26 12:58   回复  
cenwanglai4楼
2011-02-20 09:41   回复  
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