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viger87

木虫 (正式写手)

应助: 30 (小学生)
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在线: 209.2小时
虫号: 726366
注册: 2009-03-19
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

[求助] amber11+openmpi多节点并行计算速度变慢

计算平台：6台台式电脑，各2个cpu,用openmpi并行
12cpu并行命令为：mpirun -np 12 -machinefile ** -prefix ** --mca pls_rsh_agent rsh --mca btl self,tcp sander.MPI -O -i ******
运行命令后，每台机器上都有两个sander.MPI进程，且cpu使用都是100%左右

测试结果如下：
                  情况                                        估计剩余时间
6台共12cpu并行（sander.MPI）--------------- 300hours
1台共2cpu并行（sander.MPI）  --------------- 11hours
1台共2cpu并行（sander）       --------------- 20hours
1台共1cpu并行（sanderI）    --------------- 20hours

问题：为什么12cpu反而计算速度变慢了，12cpu一直使用率都是100%左右，如果不是在计算我所提交的作业，那都在计算什么？设置有问题还是并行通信的问题？

望各位不吝赐教

[ Last edited by viger87 on 2012-5-12 at 22:32 ]

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