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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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[求助]
用packmol做初始结构
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给位大侠，我开始用gromacs建一个22x20.1x6.5nm3的盒子，装了一个碳管和1796个棕榈酸PA，结果跑出来构象不好，PA不是层层吸附在碳管周围，有跑偏的情况。现在想用packmol做一个PA成辐射状排列在碳管周围，比较均匀的体系，不知道能不能做，请教给位，感激不尽，下面为我的初始pdb 碳管的pdb PA的pdb |
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- 附件 2 : pa.pdb
2012-05-11 08:44:54, 170.25 K
2012-05-11 08:45:19, 1.66 K
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3楼2012-05-11 09:21:31
夕阳磁化
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小木虫
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2楼2012-05-11 08:56:01
zhongyunxia
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4楼2012-05-11 10:25:29