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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有关packmol的问题 已有4人参与

前段时间没怎么用packmol,现在发现突然不行了,错误如下:
Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: mixture.pdb                                       
  Reading coordinate file: water.pdb
  ERROR: Failed to read coordinates from file: water.pdb
  Probably the coordinates are not in standard PDB file format.
  Standard PDB format specifications can be found at:
  www.rcsb.org/pdb
STOP 0

需要指出的是:
(1)我编译packmol是成功的;
(2)执行时命令也没错;
(3)我用的是官网上下的例子;
可是还是出现上述问题,我以前用时步骤和现在一样,但没有问题,不知道为什么现在会这样?
前段时间实验室有同学也出现过上述问题,但没弄明白原因……
请高手指点……
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043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-19 09:32:58
从错误信息看是输入文件的问题,建议
0.仔细检查input文件是否有误
1.换一个例子试试
2.试试xyz格式的输入文件
2楼2010-08-18 22:13:42
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-08-18 22:13:42:
从错误信息看是输入文件的问题,建议
0.仔细检查input文件是否有误
1.换一个例子试试
2.试试xyz格式的输入文件

我用的是直接从官网上当下来的例子,应该不会有问题吧……
3楼2010-08-19 12:55:06
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043114076

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-19 16:26:54
引用回帖:
Originally posted by kehan_1230 at 2010-08-19 12:55:06:

我用的是直接从官网上当下来的例子,应该不会有问题吧……

这个。。。不要迷信官网
试试才知道
4楼2010-08-19 13:25:42
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budgerigar

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:08:46
ERROR: Failed to read coordinates from file: water.pdb
Google里扒出来的老帖子,看没解决问题,回复下,如上错误信息,没有water.pdb
5楼2011-12-22 08:23:25
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银戒指

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
用gview生成的pdb,其他程序生成的pdb可能不标准
6楼2022-09-26 23:27:26
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