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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】有关packmol的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有关packmol的问题 已有4人参与

前段时间没怎么用packmol，现在发现突然不行了，错误如下：
Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: mixture.pdb                                       
  Reading coordinate file: water.pdb
  ERROR: Failed to read coordinates from file: water.pdb
  Probably the coordinates are not in standard PDB file format.
  Standard PDB format specifications can be found at:
  www.rcsb.org/pdb
STOP 0

需要指出的是：
（1）我编译packmol是成功的；
（2）执行时命令也没错；
（3）我用的是官网上下的例子；
可是还是出现上述问题，我以前用时步骤和现在一样，但没有问题，不知道为什么现在会这样？
前段时间实验室有同学也出现过上述问题，但没弄明白原因……
请高手指点……
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1楼 2010-08-18 20:36:22
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-19 09:32:58
从错误信息看是输入文件的问题，建议
0.仔细检查input文件是否有误
1.换一个例子试试
2.试试xyz格式的输入文件
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-08-18 22:13:42
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-08-18 22:13:42:
从错误信息看是输入文件的问题，建议
0.仔细检查input文件是否有误
1.换一个例子试试
2.试试xyz格式的输入文件

我用的是直接从官网上当下来的例子，应该不会有问题吧……
赞一下 回复此楼
3楼2010-08-19 12:55:06
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-19 16:26:54
引用回帖:
Originally posted by kehan_1230 at 2010-08-19 12:55:06:

我用的是直接从官网上当下来的例子，应该不会有问题吧……

这个。。。不要迷信官网
试试才知道
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-08-19 13:25:42
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budgerigar

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:08:46
ERROR: Failed to read coordinates from file: water.pdb
Google里扒出来的老帖子，看没解决问题，回复下，如上错误信息，没有water.pdb
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-12-22 08:23:25
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银戒指

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用gview生成的pdb，其他程序生成的pdb可能不标准
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6楼2022-09-26 23:27:26
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