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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有关packmol的问题已有4人参与

前段时间没怎么用packmol,现在发现突然不行了,错误如下:
Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: mixture.pdb                                       
  Reading coordinate file: water.pdb
  ERROR: Failed to read coordinates from file: water.pdb
  Probably the coordinates are not in standard PDB file format.
  Standard PDB format specifications can be found at:
  www.rcsb.org/pdb
STOP 0

需要指出的是:
(1)我编译packmol是成功的;
(2)执行时命令也没错;
(3)我用的是官网上下的例子;
可是还是出现上述问题,我以前用时步骤和现在一样,但没有问题,不知道为什么现在会这样?
前段时间实验室有同学也出现过上述问题,但没弄明白原因……
请高手指点……
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银戒指

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
用gview生成的pdb,其他程序生成的pdb可能不标准
6楼2022-09-26 23:27:26
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