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111222000金虫 (正式写手)
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计算断键？？ 已有3人参与
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最近计算一种30多原子的CHON化合物，用hf、3-21g结构优化，结果高斯能正常结束，但是用GV打开一看，我的化合物被优化的四分五裂，本来一种化合物，结果被弄成了四部分碎片，虽然GV中的那根棒棒只是一种形式，单这也太离谱了，求教这是什么原因？如何修改？谢谢 [ Last edited by 111222000 on 2012-5-5 at 22:51 ] |
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5楼2012-05-06 21:04:03
yjcmwgk
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gmy1990: 金币+2 2012-05-06 22:13:31
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张老师，小卒想就楼主的分子随便说两句 小卒觉得楼主的问题未必是初始结构（至少不是现在需要考虑的问题），而在于计算方法 楼主用的是hf/3-21g（如果仅仅是为了计算速度，为什么不用DMol3这种高速软件，甚至pm6之类的半经验方法呢？） 楼主使用的hf/3-21g，既缺乏电子相关、又缺乏角动量函数、又没有弥散函数。楼主的计算实在是太粗糙了。在我印象中，成熟的力场方法，怕是都比hf/3-21g准确罢。 hf的计算很容易优化“散掉”（换句话说是键长很容易被高估） 既然这个分子是全由短周期主族元素构成的 那么不必动用hGGA了 看起来最低要求GGA即可，随便挑一个传统GGA即可。比如blyp就挺优秀了 本来觉得极化函数和弥散函数可加可不加，但是考虑到F这种强烈的负电中心，还是加上好。不过高角动量函数就不必了。 得到该分子优化计算的最低要求blyp/6-31+g(d) 张老师您给评判一下小卒的言论？ 下面的话说给楼主： 我在GaussView里随便画了一下，发现这个分子居然还有大量异构体的存在。六个氮原子，每个氮原子都有孤对电子的方向问题（这个问题带来的是N锥形结构的差异），而且这个六元环还有船式/椅式互变异构哦（虽然正常情况下椅式占优势，但是在周边被拥挤的取代基占满之后，某些特定的船式构象未必不稳定）。楼主看来有得忙了。 我看楼主的专业是应用化学。如果楼主看了我上面的话有点犯晕，那么我倒是觉得：与其楼主自己去计算，真不如找个专业的量子化学研究生给你去搞计算，你给人家第二作者。没有基础却要搞量子化学计算，得到的结论多半不靠谱。 下图是其中一种异构体  [ Last edited by yjcmwgk on 2012-5-6 at 22:20 ] |
6楼2012-05-06 22:04:16
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根据2001年高压物理学报《利用分子轨道法计算黑索金的生成热和分子结构》文章给出的黑索金结构，属于扭曲的船式结构，但三个硝基的N都是sp2杂化，硝基链接的N原子也是sp2杂化（近似），所以，很难说是平伏键还是直立键。当然，它的结构是PM3优的，可信度难说。另外，NO2换成NF2，N的杂化似乎应该变成Sp3，这样结构的变化又不好预测。感觉上小虫画的两个直立键一个平伏键的椅式结构有一定道理。而三个平伏键的船式结构也未尝不可。这个就像小虫说的那样，楼主有的忙了，要多算几个构型对比一下了。DFT应该是要优于HF的，鉴于F的电负性，弥散应该是要的。变形估计不小，极化也是必须的。就这么几个小原子，计算起来应该是比较快的。 其实，不是说HF就算不好，但是如果结果太离谱，我感觉初始结构不好一般来说占的可能性更大，尤其不是搞计算化学的，做实验的把计算看得很简单，似乎就是个黑匣子，扔里就能出结果。呵呵。要真是这样，该有多好。 |
8楼2012-05-07 13:17:58
zhangmt
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9楼2012-05-07 13:29:18
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