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111222000

金虫 (正式写手)

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[交流] 计算断键？？已有3人参与

最近计算一种30多原子的CHON化合物，用hf、3-21g结构优化，结果高斯能正常结束，但是用GV打开一看，我的化合物被优化的四分五裂，本来一种化合物，结果被弄成了四部分碎片，虽然GV中的那根棒棒只是一种形式，单这也太离谱了，求教这是什么原因？如何修改？谢谢

[ Last edited by 111222000 on 2012-5-5 at 22:51 ]

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1楼2012-05-05 22:47:29

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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2012-05-06 22:13:31

引用回帖:

2楼: Originally posted by zhangmt at 2012-05-05 23:58:35:
没有足够的信息，初步猜测是初始结构太离谱导致的。。解决方案，给一个合理的初始结构，重新优化。。

张老师，小卒想就楼主的分子随便说两句
小卒觉得楼主的问题未必是初始结构（至少不是现在需要考虑的问题），而在于计算方法
楼主用的是hf/3-21g（如果仅仅是为了计算速度，为什么不用DMol3这种高速软件，甚至pm6之类的半经验方法呢？）
楼主使用的hf/3-21g，既缺乏电子相关、又缺乏角动量函数、又没有弥散函数。楼主的计算实在是太粗糙了。在我印象中，成熟的力场方法，怕是都比hf/3-21g准确罢。
hf的计算很容易优化“散掉”（换句话说是键长很容易被高估）
既然这个分子是全由短周期主族元素构成的那么不必动用hGGA了看起来最低要求GGA即可，随便挑一个传统GGA即可。比如blyp就挺优秀了
本来觉得极化函数和弥散函数可加可不加，但是考虑到F这种强烈的负电中心，还是加上好。不过高角动量函数就不必了。
得到该分子优化计算的最低要求blyp/6-31+g(d)
张老师您给评判一下小卒的言论？
下面的话说给楼主：
我在GaussView里随便画了一下，发现这个分子居然还有大量异构体的存在。六个氮原子，每个氮原子都有孤对电子的方向问题（这个问题带来的是N锥形结构的差异），而且这个六元环还有船式/椅式互变异构哦（虽然正常情况下椅式占优势，但是在周边被拥挤的取代基占满之后，某些特定的船式构象未必不稳定）。楼主看来有得忙了。
我看楼主的专业是应用化学。如果楼主看了我上面的话有点犯晕，那么我倒是觉得：与其楼主自己去计算，真不如找个专业的量子化学研究生给你去搞计算，你给人家第二作者。没有基础却要搞量子化学计算，得到的结论多半不靠谱。
下图是其中一种异构体

[ Last edited by yjcmwgk on 2012-5-6 at 22:20 ]