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deep_bluesea

木虫 (正式写手)

[求助] 出现了下列错误,找不到合适的空间群了,明显存在膺对称结构如何办? 已有1人参与

出现了下列错误,找不到合适的空间群,可能是存在膺对称,该如何处理?

PLAT113_ALERT_2_A ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space-group. P-1
PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set ?
Alert level B
PLAT110_ALERT_2_B ADDSYM Detects Potential Lattice Centering or Halving . ?
PLAT112_ALERT_2_B ADDSYM Detects Additional (Pseudo) Symm. Elem... Y
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r2rr2r

金虫 (正式写手)

deep_bluesea: 回帖置顶 2012-05-03 12:13:54
r2r@sina.com
请把res文件发来看看。我的时间只能帮您看一下res,进一步精修要自己完成了。
11楼2012-05-03 11:00:24
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普通回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-02 16:22:32
deep_bluesea: 金币+2, 有帮助, 升不上去了 2012-05-02 18:52:26
platon升不上去么~~~~试试看吧~
2楼2012-05-02 15:14:27
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xiaoshan1988

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-02 16:22:47
deep_bluesea: 金币+2, 有帮助, 升不上去了 2012-05-02 18:52:48
用platon升级下空间群看看吧。。可能还有对称性更高的空间群吧
3楼2012-05-02 16:17:49
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
解晶体最重要的一点就是确定正确的空间群。这一点是比较难,虽然一般是就高不就低,但有时对称性高了反而更难得到正确的结构。比如,有一晶体为P63/mmc,解出来是无序的。但降到哪个空间群是正确的?我也不知道。查文献发现有类似的,降到P6322则得到正确的解。
所以,还得请教大侠们,当空间群处于高对称态时,如何从中选择出正确的那一个?
4楼2012-05-02 20:31:07
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deep_bluesea

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yytsnake at 2012-05-02 20:31:07:
解晶体最重要的一点就是确定正确的空间群。这一点是比较难,虽然一般是就高不就低,但有时对称性高了反而更难得到正确的结构。比如,有一晶体为P63/mmc,解出来是无序的。但降到哪个空间群是正确的?我也不知道。 ...

呵呵。。。还应助回帖呢?
5楼2012-05-02 20:42:27
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by deep_bluesea at 2012-05-02 20:42:27:
呵呵。。。还应助回帖呢?

应助应助,一边回应,一边求助。
6楼2012-05-02 21:29:47
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rogersystop

木虫 (正式写手)


linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-03 08:31:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by yytsnake at 2012-05-02 20:31:07:
解晶体最重要的一点就是确定正确的空间群。这一点是比较难,虽然一般是就高不就低,但有时对称性高了反而更难得到正确的结构。比如,有一晶体为P63/mmc,解出来是无序的。但降到哪个空间群是正确的?我也不知道。 ...

查空间群表,按对称性相近的空间群挨个试,如果对的话很快就能出框架的,不行继续换~~~
7楼2012-05-02 23:24:40
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
deep_bluesea: 金币+2, 有帮助 2012-05-03 06:39:36
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-03 08:31:58
这种情况我也遇到过,同样是以P-1空间群解的,但最小不对称单元里的结构却是不一样的。比较简单的方法同时又需要一定运气的方法就是重新还原数据,这样就有可能以较简单的方式很快确定正确的最小不对称单元。要么以重原子法逐步小心的一点一点的生长出最小不对称中的原子。再要么你尝试做一下吸收校正,也有可能处理好这样的问题。总之出现赝对称效应处理不难就是很麻烦。
8楼2012-05-03 00:27:24
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r2rr2r

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
deep_bluesea: 金币+2, 有帮助, 我用的就是P-1 2012-05-03 06:40:01
linhua0402313: 金币+2, 感谢回帖交流! 2012-05-03 08:32:27
第一个A已经明确告诉你要用P-1了。
那就强行定成P-1解呗。
xprep中直接输入P-1空间群。
或者先把你主结构之外的诸如溶剂之类的原子都删掉,只保留明显的赝对称的主结构,然后platon升对称性。
9楼2012-05-03 01:09:39
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deep_bluesea

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by r2rr2r at 2012-05-03 01:09:39:
第一个A已经明确告诉你要用P-1了。
那就强行定成P-1解呗。
xprep中直接输入P-1空间群。
或者先把你主结构之外的诸如溶剂之类的原子都删掉,只保留明显的赝对称的主结构,然后platon升对称性。

我用的就是P-1解的
10楼2012-05-03 06:36:00
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