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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] MS在模拟高分子构象不对!

大家好,向大家请教一个问题:我在用MS模拟高分子构象时,文献中模拟出的是螺旋状,我模拟出的却是直线状,我的操作步骤是:1.用build建立repeat unit 然后结构优化--2.能量最小化--3.建立高分子聚合物--4.能量最小化--5.分子动力学模拟。如下图所示:
       到底是么地方 错了呢???
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-29 08:45:05
可能模拟时间或者温度不够。。。
每天都有进步才是人生追求的意义!
3楼2012-04-28 22:41:13
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 15:07:12
wangyiyongwz: 金币+1 2012-05-03 09:05:25
楼上可能说的对,你的时间不够,或者精度不够。建议把模拟的参数也放上来,别人才好判断
自强不息
4楼2012-04-29 14:26:14
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-05-02 10:49:25:
很奇怪,在运行分子动力学模拟的过程中(动态变化时观察到),我看到了需要的螺旋结构,但任务一完成,就恢复直链了??这是什么道理啊?

因为你设置的动画不是最后一步,是一个循环。。所以又回来了啊
每天都有进步才是人生追求的意义!
10楼2012-05-02 10:56:41
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Toma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-03 08:05:39
wangyiyongwz: 金币+1 2012-05-03 09:05:13
如果你觉得100ps达到了稳定,你可以选择你的动画的最后一帧,复制,然后建一个新的3d文档粘进去就行了
看见的不一定就是真相
12楼2012-05-02 16:56:18
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普通回帖

青菜001

金虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-28 17:23:02
可以尝试着用Dmol优化看看
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
2楼2012-04-28 17:03:07
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hmy.photo at 2012-04-28 22:41:13:
可能模拟时间或者温度不够。。。

我先能量最小化20000步(这时得到的是直链),然后在298K下运行了100PS!积分步长时1fs。  温度不够,也会影响构象模拟吗?
5楼2012-05-01 11:06:31
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-04-28 17:03:07:
可以尝试着用Dmol优化看看

用Dmol可以优化吗? 能告诉我具体一点的步骤吗?
6楼2012-05-01 11:08:13
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 14:26:14:
楼上可能说的对,你的时间不够,或者精度不够。建议把模拟的参数也放上来,别人才好判断

好的~
7楼2012-05-01 11:08:37
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 14:26:14:
楼上可能说的对,你的时间不够,或者精度不够。建议把模拟的参数也放上来,别人才好判断

很奇怪,在运行分子动力学模拟的过程中(动态变化时观察到),我看到了需要的螺旋结构,但任务一完成,就恢复直链了??这是什么道理啊?
8楼2012-05-02 10:48:39
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hmy.photo at 2012-04-28 22:41:13:
可能模拟时间或者温度不够。。。

很奇怪,在运行分子动力学模拟的过程中(动态变化时观察到),我看到了需要的螺旋结构,但任务一完成,就恢复直链了??这是什么道理啊?
9楼2012-05-02 10:49:25
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