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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS在模拟高分子构象不对！
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by hmy.photo at 2012-05-02 10:56:41:
因为你设置的动画不是最后一步，是一个循环。。所以又回来了啊

大侠！如果，我要得到稳定的构想图，应该怎样设置呢？
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11楼2012-05-02 14:12:19
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Toma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-03 08:05:39
wangyiyongwz: 金币+1 2012-05-03 09:05:13
如果你觉得100ps达到了稳定，你可以选择你的动画的最后一帧，复制，然后建一个新的3d文档粘进去就行了
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看见的不一定就是真相
12楼2012-05-02 16:56:18
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by Toma at 2012-05-02 16:56:18:
如果你觉得100ps达到了稳定，你可以选择你的动画的最后一帧，复制，然后建一个新的3d文档粘进去就行了

但在整个模拟的过程中，最后的构象不一定是稳定的啊！！！不知要怎样才能找到整个过程中势能最小的构象？
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13楼2012-05-02 17:15:52
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Toma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-03 08:05:55
wangyiyongwz: 金币+1 2012-05-03 09:04:49
额 “势能最小的构象”？？这个没试过，但是你可以根据能量曲线上选最小的那一点，看对应哪个帧，然后复制粘贴。
md过程是个波动的过程，没有必要去这么挑吧，不知道楼主想算什么
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看见的不一定就是真相
14楼2012-05-03 07:16:49
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by Toma at 2012-05-03 07:16:49:
额 “势能最小的构象”？？这个没试过，但是你可以根据能量曲线上选最小的那一点，看对应哪个帧，然后复制粘贴。
md过程是个波动的过程，没有必要去这么挑吧，不知道楼主想算什么

我想计算一下在最稳定构象下，的氢键数目~  好的，我先试试看~
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15楼2012-05-03 09:04:39
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-03 15:16:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-05-01 11:06:31:
我先能量最小化20000步（这时得到的是直链），然后在298K下运行了100PS！积分步长时1fs。  温度不够，也会影响构象模拟吗？

点击View，然后Toolbars，然后3D movement，把动画格式调出来，然后可以通过这个控制动力学过程中的每一帧。
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每天都有进步才是人生追求的意义！
16楼2012-05-03 09:27:35
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-05-02 14:12:19:
大侠！如果，我要得到稳定的构想图，应该怎样设置呢？

点击View，然后Toolbars，然后3D movement，把动画格式调出来，然后可以通过这个控制动力学过程中的每一帧
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每天都有进步才是人生追求的意义！
17楼2012-05-03 09:28:14
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wangyiyongwz: 金币+2 2012-05-11 10:19:39
引用回帖:
11楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-05-02 14:12:19:
大侠！如果，我要得到稳定的构想图，应该怎样设置呢？

点击View，然后Toolbars，然后3D movement，把动画格式调出来，然后可以通过这个控制动力学过程中的每一帧。
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每天都有进步才是人生追求的意义！
18楼2012-05-03 09:28:39
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by hmy.photo at 2012-05-03 09:28:39:
点击View，然后Toolbars，然后3D movement，把动画格式调出来，然后可以通过这个控制动力学过程中的每一帧。

如果，我要每一帧对应的势能，应该怎样操作呢！（在势能图中，没找到势能和帧数对应的方法！）
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19楼2012-05-03 09:59:46
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Toma

金虫 (小有名气)
这个首先保存的帧数有关，因为有可能想要的最低能量处的坐标没有被保存成一帧
然后，选择每一帧对应的势能，我没啥好方法，可以按照模拟总时间和保存的总帧数计算出来，得到每个帧对应的模拟时间和势能（这个有些近似）
高手可以通过写脚本得到每帧的势能
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看见的不一定就是真相
20楼2012-05-03 10:54:52
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