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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS在模拟高分子构象不对！
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] MS在模拟高分子构象不对！

大家好，向大家请教一个问题：我在用MS模拟高分子构象时，文献中模拟出的是螺旋状，我模拟出的却是直线状,我的操作步骤是：1.用build建立repeat unit 然后结构优化--2.能量最小化--3.建立高分子聚合物--4.能量最小化--5.分子动力学模拟。如下图所示：
       到底是么地方 错了呢？？？
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1楼 2012-04-28 15:27:51
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 15:07:12
wangyiyongwz: 金币+1 2012-05-03 09:05:25
楼上可能说的对，你的时间不够，或者精度不够。建议把模拟的参数也放上来，别人才好判断
赞一下(1人) 回复此楼
自强不息
4楼2012-04-29 14:26:14
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青菜001

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-28 17:23:02
可以尝试着用Dmol优化看看
赞一下 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
2楼2012-04-28 17:03:07
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hmy.photo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-29 08:45:05
可能模拟时间或者温度不够。。。
赞一下(1人) 回复此楼
每天都有进步才是人生追求的意义！
3楼2012-04-28 22:41:13
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hmy.photo at 2012-04-28 22:41:13:
可能模拟时间或者温度不够。。。

我先能量最小化20000步（这时得到的是直链），然后在298K下运行了100PS！积分步长时1fs。  温度不够，也会影响构象模拟吗？
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-01 11:06:31
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