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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 当得到一条基因不能做表达的时候应该做些什么 已有6人参与

现在手头在做的一个基因,但是不能做表达,得到这个基因还可以从哪些地方入手啊,请高手指点
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凌波丽

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zhaohq1209: 金币+5, BioEPI+1, 高手~ 2012-04-29 09:42:24
难表达的基因的另一个研究方法,研究它与蛋白质的相互作用,也就是研究DNA-Protein interaction。蛋白质-DNA的相互作用研究方法:EMSA,足迹法,干扰法,CHIP,DNA-蛋白质共结晶后X-ray diffraction,NMR,pull-down,光共振能量转移,电子晶体学,电子显微镜直接观测,全内反射荧光显微术(TIRFM),原子力显微镜观测,化学或酶试剂对于蛋白质进行裂解确定蛋白质-DNA的相互作用位点确定,突变(定点突变,结构域转换等)与蛋白质再/去折叠对蛋白质-DNA的相互作用位点,低温冷冻电镜观测,蛋白质-DNA的相互作用的特异作用位点的化学交联等。
反正DNA片段要起作用,肯定要通过反式因子,不然它就只能影响本条染色体,巨大多数反式因子是蛋白质,我们不好表达一段基因,就分析它与什么样的蛋白质发生相互作用,来打开研究其功能的途径,参与基因表达调控本身也是一种重要的功能。还可以比较其结合的反式因子有什么具体特征,这本身就可挖掘到很多成果。进一步对比结合类似的反式因子的基因片段都有哪些类型,多数出现在那里,结合不同的反式因子对应细胞周期的时空关系。。。可以挖掘出很不少的成果,不是吗?

我记得去以前看本军事学书籍(一位俄罗斯坦克兵校官写的,我虽然是女生,但是对于军事学有些兴趣),里面有段话我至今觉得挺有道理:他批驳了关于坦克无用论的观点,理由:现代坦克的日子可不好过了,反坦克武器(反坦克导弹、加农炮、歼击轰炸机、武装直升机等)对于坦克杀伤力非常大,海湾战争和伊拉克战争都是明证,这是事实,但是坦克是进攻性武器,它可以选择攻击点,如果把多数反坦克武器集中于一处,那么坦克会简单地绕道而行,从其他地方进攻。许多时候,正面攻克困难不容易,不如避开它绕道而行。
9楼2012-04-29 00:34:18
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

★ ★ ★
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amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-28 18:07:05
1.找同源性接近的基因序列,看看在何种情况下能够表达;2.用数据库搜索看其是否是假基因;3.接上强启动子导入工程细胞,在不同条件下看是否有转录和翻译。。。。
3楼2012-04-28 12:05:57
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普通回帖

小周

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
说的详细点呗!这样别人怎么帮你
2楼2012-04-28 10:44:33
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guhanya

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
做干扰,看表型有否变化。
4楼2012-04-28 14:40:47
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张宏宇123

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你想知道这个基因的功能吗?
可以做下阻断看看
未来不是梦
5楼2012-04-28 16:29:19
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 张宏宇123 at 2012-04-28 16:29:19:
你想知道这个基因的功能吗?
可以做下阻断看看

过表达和异位表达也可以研究功能。
6楼2012-04-28 18:32:53
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草原之子

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
同意楼上的观点,将该基因敲除看看有没有什么明显的表型啊;或者根据其序列看看如果它翻译,蛋白的序列是什么,看看可能是一种什么蛋白;或者把它练到一个强启动子后面,看看会出现什么情况……
向生命发起挑战
7楼2012-04-28 18:41:47
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
俺现在有10条,极难表达
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
8楼2012-04-28 19:46:39
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
也许这段DNA序列本身还就不是表达蛋白质或者功能RNA的基因,那么究它与蛋白质的相互作用,也就是研究DNA-Protein interaction,至少我们可以探寻其在基因表达调控中的作用,本身也有可能得到很有价值的成果。
10楼2012-04-29 00:37:59
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