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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 聚合物链建晶胞时，Amorphous Cell模块没法用，求解释
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sunhao123

禁虫 (小有名气)
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1楼 2012-04-22 12:16:55
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-23 10:33:25
sunhao123: 回帖置顶 2012-04-23 15:01:46
操作情况不明，不好判断。有时候是力场选择，有时候是非键合力选取不对
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自强不息
2楼2012-04-23 10:05:29
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sunhao123

禁虫 (小有名气)
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3楼2012-04-23 15:01:55
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunhao123: 金币+5, 谢谢 2012-04-23 16:50:10
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-24 00:12:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 15:01:55:
麻烦问下，我是建立苯乙烯-二乙烯苯的聚合物，运用的是random polymer，链长76，可能性分别为0.9和0.1。
首先是运用forcite进行的结构优化，力场是compass，加和方法是atom based，其余为缺省值。
优化完后便运 ...

文献中的力场时选择COMPASS么？你换个力场试试，同时注意换力场后，加和方法也调下。具体怎么调我也不太清楚，只能凭经验了。你用Forcite优化完后，先看下结果文件，看里面有没有提示。有时候虽然运行成功，但是有些参数并不能正确计算。我就遇到过这种情况
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自强不息
4楼2012-04-23 16:28:35
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunhao123: 金币+5, 谢谢 2012-04-23 16:51:23
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-23 18:35:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 15:01:55:
麻烦问下，我是建立苯乙烯-二乙烯苯的聚合物，运用的是random polymer，链长76，可能性分别为0.9和0.1。
首先是运用forcite进行的结构优化，力场是compass，加和方法是atom based，其余为缺省值。
优化完后便运 ...

貌似聚合物选其他力场会好点，我现在只做小有机分子的模拟，用COMPASS可以，但是很多聚合物的力场选择会不一样，建议参考文献
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自强不息
5楼2012-04-23 16:29:54
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sunhao123

禁虫 (小有名气)
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6楼2012-04-23 16:57:45
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-23 18:35:40
sunhao123: 金币+5 2012-04-23 21:18:24
引用回帖:
6楼: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 16:57:45:
文献中没人做这个聚合物，看了别的聚合物，采用的是他们用的参数。
那用Forcite优化完后，还有必要在用Discover经行能量最小化吗？以及进行退火处理吗？能说下对聚合物优化的先后步骤吗？
期待您的回答！

干嘛forcite优化后还用Discover优化？两个模块的优化原理不一样。得到的结果也会不同。如果一直用Discover模块，就建议用Discover来优化。我没做过退火方面的分子模拟，貌似论坛里有写虫子做过，可以看到相关帖子后，向他们请教。
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自强不息
7楼2012-04-23 17:16:35
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sunhao123

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8楼2012-04-23 21:21:19
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caijj09

木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 21:21:19:
我看文献中就直接写着应用Forcite和Discover 模块对聚合物经行结构优化，我也搞不懂，每个人优化的方式都不一样，也不知道哪个比较适合聚合物？

多看外文文献吧，看别人是怎么选的。参照着来吧
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自强不息
9楼2012-04-24 02:07:43
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lihui200707

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-24 02:07:43
多看外文文献吧，看别人是怎么选的。参照着来吧...

我也遇到同样的问题，用Amorphous cell建晶胞时提示出错，我是建的双酚A环氧树脂，不成功。但我用同样的步奏建别的聚合物是成功的，不知道怎么回事，应该怎么解决
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10楼2012-07-14 21:47:05
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