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雨晨田木

金虫 (小有名气)

[求助] 问一个关于分子坐标固定的问题

在下面这个输入坐标中，那些直接给出数值的坐标其实也是可以动的的吧
0 1
S              0.00006099       -0.81023532        Z1   
S              0.00012180        0.81025055        Z2     
C              0.00000400        Y3                Z3     
C              0.00000800        Y4                Z4     
C             -0.00000600        Y5                Z5     
C             -0.00001000        Y6                Z6     
C             -0.00002100        Y7                Z7     
C             -0.00002100        Y8                Z8     
H              0.00001300        Y9                Z9     
H              0.00001700        Y10               Z10   
H             -0.00001200        Y11               Z11   
H             -0.00003400        Y12               Z12   
C              0.00000300        Y13               Z13   
O             -0.00006100        Y14               Z14   
O              0.00006800        Y15               Z15   
C             -0.00002100        Y16               Z16   
O             -0.00007700        Y17               Z17   
O              0.00009900        Y18               Z18   
Au   0        -1.442985         0.833106         L               
Au   0         0.000000        -1.666216         L   
Au   0         1.442985         0.833106         L   
Au   0        -1.442985         0.833106         R   
Au   0        0.000000         -1.666216         R   
Au   0        1.442985          0.833106         R  

L              -7.46926669
R               7.46925990
Y3            -1.21959900
Y4            -1.18944200
Y5             0.03240000
Y6             1.21960500
Y7             1.18944900
Y8            -0.03241300
Y9            -2.15316200
Y10           -2.10419000
Y11            2.15315900
Y12            2.10418700
Y13            0.11986700
Y14            1.13930800
Y15           -1.06635200
Y16           -0.11987000
Y17           -1.13930700
Y18            1.06635300
Z1           -5.11926669      
Z2            5.11925990      
Z3           0.66162700        
Z4          -0.72013900        
Z5          -1.38225200        
Z6          -0.66161500        
Z7           0.72012900        
Z8           1.38225200        
Z9           1.19009400        
Z10         -1.27957600        
Z11         -1.19009800        
Z12          1.27958100        
Z13         -2.87092100        
Z14         -3.48308700        
Z15         -3.46902300        
Z16          2.87092200        
Z17          3.48309500        
Z18          3.46901400
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1楼 2012-04-17 11:50:56
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雨晨田木

金虫 (小有名气)
也就是说这个输入坐标里唯一确定的就是三个L相等，和三个R相等了？
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4楼2012-04-19 09:28:13
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shiqian6073

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
雨晨田木: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-19 09:26:56
直接给出数值的坐标是可以动的,要固定原子坐标，需要在后面定义。格式为：
原子1序数 原子2序数 键长
原子1序数 原子2序数 原子3序数 键角
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2楼2012-04-19 00:52:46
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070241078

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
雨晨田木: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-19 09:28:55
要想固定某些坐标（键长键角），最好用Z-矩阵坐标吧。同意二楼的说法
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-19 08:28:42
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