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firsky

金虫 (小有名气)

[求助] 巢式PCR

同学在做土壤细菌多样性的检测,进行巢式PCR。刚开始做的时候直接把引物稀释到100μM,50μL体系加1μL,做出来结果虽然电泳有杂带,但主带很清晰。后来把引物稀释到10μM,第一轮PCR(目的片段1500bp左右)电泳图显示主带比较亮,继续进行第二轮PCR(目的片段200bp左右),就只能隐隐约约出来弥散条带。
    请教一下可能的原因及解决方法。
    上图:

第一轮PCR的电泳图,Marker 2μL,产物5μL。第二轮PCR以第一轮PCR产物为模板,加了1μL。



第二轮PCR的电泳图,加样量第一轮。后来又用第一轮PCR产物做了第二轮PCR,条带稍微亮一些了,但还是弥散状。
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sarah_lz

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by firsky at 2012-04-16 13:58:37:
这个用的是通用引物,走的比较通用的土壤微生物多样性检测的流程,所以引物应该没有问题吧。
今天上午把底物稀释了又做PCR,结果没有条带。

不太了解你的体系。。
我做nest只是从文库钓取基因的,但原理上我认为最关键还是引物,第一轮没问题就是第二轮
有可能的话做阳性对照试试
6楼2012-04-17 08:13:11
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sarah_lz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 应助指数+1, 鼓励提供有意义的解决问题的方法 2012-04-16 13:57:37
firsky: 金币+3, 有帮助, 多谢,现在已经验证出是第二轮的引物降解的问题 2012-04-16 20:25:45
首先,nestpcr最关键是引物
第一轮1500base的产物估计不包含你的目的片段,第一轮看不到条带的
建议用blast检查一下引物区域的特异性,建议重新设计引物,两次长度不用相差那么大

其次,第二轮pcr底物浓度太高
第一轮电泳看不到条带的情况下大概+0.1uL为底物
2楼2012-04-16 12:05:43
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chibang1220

木虫 (著名写手)

我也遇到过,来看看
人的差别在于业余时间
3楼2012-04-16 12:52:47
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firsky

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sarah_lz at 2012-04-16 12:05:43:
首先,nestpcr最关键是引物
第一轮1500base的产物估计不包含你的目的片段,第一轮看不到条带的
建议用blast检查一下引物区域的特异性,建议重新设计引物,两次长度不用相差那么大

其次,第二轮pcr底物浓度太 ...

这个用的是通用引物,走的比较通用的土壤微生物多样性检测的流程,所以引物应该没有问题吧。
今天上午把底物稀释了又做PCR,结果没有条带。
4楼2012-04-16 13:58:37
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