24小时热门版块排行榜    

查看: 1950  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

firsky

金虫 (小有名气)

[求助] 巢式PCR

同学在做土壤细菌多样性的检测,进行巢式PCR。刚开始做的时候直接把引物稀释到100μM,50μL体系加1μL,做出来结果虽然电泳有杂带,但主带很清晰。后来把引物稀释到10μM,第一轮PCR(目的片段1500bp左右)电泳图显示主带比较亮,继续进行第二轮PCR(目的片段200bp左右),就只能隐隐约约出来弥散条带。
    请教一下可能的原因及解决方法。
    上图:

第一轮PCR的电泳图,Marker 2μL,产物5μL。第二轮PCR以第一轮PCR产物为模板,加了1μL。



第二轮PCR的电泳图,加样量第一轮。后来又用第一轮PCR产物做了第二轮PCR,条带稍微亮一些了,但还是弥散状。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

firsky

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sarah_lz at 2012-04-16 12:05:43:
首先,nestpcr最关键是引物
第一轮1500base的产物估计不包含你的目的片段,第一轮看不到条带的
建议用blast检查一下引物区域的特异性,建议重新设计引物,两次长度不用相差那么大

其次,第二轮pcr底物浓度太 ...

这个用的是通用引物,走的比较通用的土壤微生物多样性检测的流程,所以引物应该没有问题吧。
今天上午把底物稀释了又做PCR,结果没有条带。
4楼2012-04-16 13:58:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

sarah_lz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 应助指数+1, 鼓励提供有意义的解决问题的方法 2012-04-16 13:57:37
firsky: 金币+3, 有帮助, 多谢,现在已经验证出是第二轮的引物降解的问题 2012-04-16 20:25:45
首先,nestpcr最关键是引物
第一轮1500base的产物估计不包含你的目的片段,第一轮看不到条带的
建议用blast检查一下引物区域的特异性,建议重新设计引物,两次长度不用相差那么大

其次,第二轮pcr底物浓度太高
第一轮电泳看不到条带的情况下大概+0.1uL为底物
2楼2012-04-16 12:05:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chibang1220

木虫 (著名写手)

我也遇到过,来看看
人的差别在于业余时间
3楼2012-04-16 12:52:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

firsky

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chibang1220 at 2012-04-16 12:52:47:
我也遇到过,来看看

你的情况是什么原因造成的,怎么解决的呢?
5楼2012-04-16 13:59:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见