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zdz103979358新虫 (初入文坛)
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[求助]
如何用分子力学方法模拟
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本人初学MS，用分子力学方法研究缓蚀剂分子在金属表面的自组装成膜机制。缓蚀剂分子在Fe（001）表面的覆盖度为0.64n㎡/个，即咪唑啉在Fe（001）表面达到饱和吸附。模拟体系大小为3.24nm×2.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。 上述该如何构建。本人软件操作不熟，最好每一步骤写越详细越好。万分感谢。 |
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8楼2012-06-29 12:11:57
shengxiang
木虫 (著名写手)
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2楼2012-04-13 08:02:39
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-14 20:50:01
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我也在做这方面的工作，但是没人指点，一个人根据文献，根据教程在做。很希望懂的人能给出好的建议，虽然楼上说的没错，但还是希望楼主多分包容，别人不懂，尤其是没学过量子化学，计算化学的同学，他们的要求只是想知道软件的操作，来做个简单的模拟，二楼没必要这么鄙视我们这种菜鸟。大家都是从菜鸟过来的。 再回到正题，楼主的问题，可以参考文献，软件的操作步骤可以参考教程中有关 内容： 构建结构：使用Build | Crystal 切表面 ： Build | Surface ——>cleave surface 结构优化，几何优化，可以用Discover 另外还涉及到建盒子的问题： 用Amorphous Cell 至于怎么操作，看教程吧，涉及到的步骤太多了 |
3楼2012-04-14 12:39:34
sqbin0615
铁虫 (小有名气)
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4楼2012-04-14 14:26:57
