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zdz103979358

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何用分子力学方法模拟

本人初学MS，用分子力学方法研究缓蚀剂分子在金属表面的自组装成膜机制。缓蚀剂分子在Fe（001）表面的覆盖度为0.64n㎡/个，即咪唑啉在Fe（001）表面达到饱和吸附。模拟体系大小为3.24nm×2.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。
  上述该如何构建。本人软件操作不熟，最好每一步骤写越详细越好。万分感谢。
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1楼 2012-04-12 22:05:34
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，回到很赞！ 2012-04-13 08:04:29
chaizhm: 金币+1, 极其欣赏你的回答~~ 2012-04-13 10:40:38
zdz103979358: 金币+5, ★有帮助, 非常感谢哈 2012-04-23 12:03:58
你这样问问题是不可能得到答复的，建议你多看看文献中是如何处理的，然后参照MS的HELP中的例子来学习构建过程~
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2楼2012-04-13 08:02:39
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-04-14 20:50:01
我也在做这方面的工作，但是没人指点，一个人根据文献，根据教程在做。很希望懂的人能给出好的建议，虽然楼上说的没错，但还是希望楼主多分包容，别人不懂，尤其是没学过量子化学，计算化学的同学，他们的要求只是想知道软件的操作，来做个简单的模拟，二楼没必要这么鄙视我们这种菜鸟。大家都是从菜鸟过来的。

再回到正题，楼主的问题，可以参考文献，软件的操作步骤可以参考教程中有关 内容：

构建结构：使用Build  | Crystal  

切表面 ： Build | Surface   ——>cleave surface

结构优化，几何优化，可以用Discover

另外还涉及到建盒子的问题： 用Amorphous Cell  

至于怎么操作，看教程吧，涉及到的步骤太多了
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自强不息
3楼2012-04-14 12:39:34
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sqbin0615

铁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 应助指数-1, 没有应助不要点应助回帖，下次扣金币 2012-06-13 13:38:53
我也是菜鸟，请问前辈们怎么查这方面的文献啊，怎么以ms为关键词搜索不出来啊
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4楼2012-04-14 14:26:57
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geniusew

金虫 (小有名气)
楼主。。请问后来您成功分子模拟了吗
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5楼2012-05-05 10:24:31
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zdz103979358

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by geniusew at 2012-05-05 10:24:31:
楼主。。请问后来您成功分子模拟了吗

没有呢，还在纠结
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6楼2012-05-07 14:24:56
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xiuhui

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-14 12:39:34
我也在做这方面的工作，但是没人指点，一个人根据文献，根据教程在做。很希望懂的人能给出好的建议，虽然楼上说的没错，但还是希望楼主多分包容，别人不懂，尤其是没学过量子化学，计算化学的同学，他们的要求只是想 ...

太赞了
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7楼2012-06-13 11:17:39
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lxhlxh

金虫 (正式写手)
我也是正在做，也不知所措，不过在导师建议下报名将参加创腾的一个暑期培训班，希望能有用。各位也不妨一试！
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8楼2012-06-29 12:11:57
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lxhlxh at 2012-06-29 12:11:57
我也是正在做，也不知所措，不过在导师建议下报名将参加创腾的一个暑期培训班，希望能有用。各位也不妨一试！

问下这个培训班费用大概多少，有没有联系方式，谢谢
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每个人只能陪你走一段路程
9楼2015-07-17 08:04:24
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