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thestormcong

银虫 (小有名气)

[求助] 二次pcr产物

大家好,现在在做red基因敲除。最近在准备打靶片段。我的第一轮pcr产物切胶回收,dpnI酶切,再次切胶回收。本来是用来打靶的,可是电泳后发现亮度不够。于是就想以该产物为模板,进行二次pcr,可是二次pcr后没有发现目的条带,纠结。
图一:第一道为打靶片段(切胶回收,酶切,再次切胶回收,上样量2ul) 中间道为宿主里的pkd46质粒(我加大了提取量),第三道marker,从下往上marker分别为750,1000,2000bp。marker的浓度为50ng/5ul(我上样5ul)。大家觉得我这样的浓度可行吗?如果不行的话我就要重做一次
图二:二次pcr产物后的条带,marker最下方两条为200,100bp。
战友们有没有得到高浓度打靶片段的方法,我现在的想法是想以打靶片段为模板进行二次pcr,因为这样会节省一点dpnI,dpnI好像一根用不了几次。
可是二次pcr得不到产物了。纠结。。。。。
大家给点建议吧,先行谢过啊!

图一



图二
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thestormcong

银虫 (小有名气)

就是二次pcr后只有100-200之间的片段,估计大小应该是引物二聚体,没有能够得到我的目的基因片段。
2楼2012-04-12 12:15:05
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我也经常遇见这种情况,具体原因不知道,因为同样的操作有时候出结果有时候不出结果。
我的建议是可不可以省去且胶回收这一步,你要知道,你的操作步骤越多,损失的目地DNA就越多,你可以只检测一下,然后用试剂盒回收,或者只检测,只要知道你的东西可用行了,我们实验室就这样做,祝你好运啊
我努力我奋斗我成功
3楼2012-04-12 14:10:22
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