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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Dock6文件准备过程中sphgen步骤报错
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yeli210

金虫 (小有名气)

[求助] Dock6文件准备过程中sphgen步骤报错

今天我利用官网上的例子按照步骤进行计算正确。但我用自己定义的一个蛋白复合物进行计算，到了sphgen这步时，则报错，如下：

fmt: read unexpected character
apparent state: internal I/O
last format: (A3,I3,A1,2X,A4,1X,F7.3,2F9.3,1X,A3,7X,3F7.3)
lately reading sequential formatted internal IO
已放弃

看网上有人遇到相同的情况，说是蛋白结构过大，生成sphere超过了Dock限定，但我选取蛋白的部分结构再进行sphgen计算时，同样遇到这个问题。因此，就不应该是蛋白大小的问题了，并且蛋白也没带电荷。请问这是什么原因啊？先谢谢了。
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1楼 2012-04-10 18:06:10
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yeli210

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 恭喜解决问题，同时鼓励一下，自己把解决问题的方法公布出来，对于遇到类似问题的人也是帮助。 2012-04-12 16:45:52
已经解决了，发现问题是原来pdb文件中残基编号达到了4位数，导致生成的ms文件，格式有问题造成的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yjdai
2楼2012-04-12 16:42:11
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yjdai

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yeli210 at 2012-04-12 16:42:11:
已经解决了，发现问题是原来pdb文件中残基编号达到了4位数，导致生成的ms文件，格式有问题造成的。

你好，我最近也遇到了这个问题，请问你最后是怎么解决的呢？
赞一下 回复此楼
哦，是这样
3楼2012-05-15 11:22:23
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