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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yeli210

金虫 (小有名气)

[求助] Dock6文件准备过程中sphgen步骤报错

今天我利用官网上的例子按照步骤进行计算正确。但我用自己定义的一个蛋白复合物进行计算,到了sphgen这步时,则报错,如下:

fmt: read unexpected character
apparent state: internal I/O
last format: (A3,I3,A1,2X,A4,1X,F7.3,2F9.3,1X,A3,7X,3F7.3)
lately reading sequential formatted internal IO
已放弃

看网上有人遇到相同的情况,说是蛋白结构过大,生成sphere超过了Dock限定,但我选取蛋白的部分结构再进行sphgen计算时,同样遇到这个问题。因此,就不应该是蛋白大小的问题了,并且蛋白也没带电荷。请问这是什么原因啊?先谢谢了。
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yeli210

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 恭喜解决问题,同时鼓励一下,自己把解决问题的方法公布出来,对于遇到类似问题的人也是帮助。 2012-04-12 16:45:52
已经解决了,发现问题是原来pdb文件中残基编号达到了4位数,导致生成的ms文件,格式有问题造成的。

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2楼2012-04-12 16:42:11
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yjdai

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yeli210 at 2012-04-12 16:42:11:
已经解决了,发现问题是原来pdb文件中残基编号达到了4位数,导致生成的ms文件,格式有问题造成的。

你好,我最近也遇到了这个问题,请问你最后是怎么解决的呢?
哦,是这样
3楼2012-05-15 11:22:23
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