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wcwluwei

禁虫 (小有名气)


小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-07 13:36:24
本帖内容被屏蔽

11楼2012-05-06 21:28:55
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spritfood

新虫 (初入文坛)

同新手,但我觉得lz不用管测序结果是那条链,你按照你自己已有的保守序列做引物就是了,测序结果你拿来做比对嘛,比对不上就拿互补序列做比对嘛
我觉得是这样的,lz这个问题若解决了,可以说一下怎么解决的么,大家交流一下
12楼2012-06-05 11:13:04
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lanjb1013

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

呵呵,很简单的一个问题,把目的基因放到ncbi上比对,和同源基因相比,看她和其他的同源基因的位置在哪里,第二,排序是不是也是从低到高。
13楼2012-06-05 23:42:29
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孙妙妙

金虫 (小有名气)

我也是新手,请问特异引物到底要怎么设计啊?3’RACE的引物是上游还是下游引物啊?
我是通过几个物种比对后获得保守序列,设计特异引物获得了保守区,想用RACE来获得全长,但是怎么设计RACE引物,搞不清,到底怎么根据我测序获得的序列来设计RACE引物,忘各位大侠指教。
好好做实验!
14楼2012-07-16 16:09:41
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夏小狼xia123

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
14楼: Originally posted by 孙妙妙 at 2012-07-16 16:09:41
我也是新手,请问特异引物到底要怎么设计啊?3’RACE的引物是上游还是下游引物啊?
我是通过几个物种比对后获得保守序列,设计特异引物获得了保守区,想用RACE来获得全长,但是怎么设计RACE引物,搞不清,到底怎么 ...

同问!
15楼2013-05-05 23:24:27
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孙妙妙

金虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 夏小狼xia123 at 2013-05-05 23:24:27
同问!...

我已经做完实验,分享下心得,其实RACE引物的设计不难,首先要搞清楚不论是5'还是3',都是以正义链来看方向的,所以3'RACE的引物是以反义链为模板,朝正义链3'的方向走(其实也想当于我们平时设计的上游引物),只要把这个方向问题搞清除了,其他就是按照它的原则,比如GC含量50%-70%,Tm值高于65度等,试剂盒说明书上的要求来就可以了。5'同理。希望对你有帮助
好好做实验!
16楼2013-05-08 19:33:48
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夏小狼xia123

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 孙妙妙 at 2013-05-08 19:33:48
我已经做完实验,分享下心得,其实RACE引物的设计不难,首先要搞清楚不论是5'还是3',都是以正义链来看方向的,所以3'RACE的引物是以反义链为模板,朝正义链3'的方向走(其实也想当于我们平时设计的上游引物),只 ...

多谢!请问你3‘用试剂盒没?我想了解一下具体过程,包括各体系成分的浓度,用量等。
17楼2013-05-10 12:57:37
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z7531242

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


人生初见: 金币+1, 有帮助 2013-07-10 05:42:15
現在大部分都是用SMARTer™ RACE cDNA Amplification Kit User Manual 這組方便又快速,方法步驟跟試劑protocal裡面都寫得很清楚。簡單的說...
5'RACE :primer設計在為Reverse
3'RACE: primer設計在為Forward
然後將5'跟3'回?淼男蛄袑Τ梢欢稳L的序列ATG...............TAA (CDS)    之後就看你要做甚麼瞜^^
18楼2013-07-09 17:29:47
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wangweida2

新虫 (小有名气)

送红花一朵
测序结果的序列取决于你是用上游还是下游引物设计,上游引物作为测序引物结果就是正链,下游引物就是负链。但最终结果是一致的,反向互补一下就可以了。
19楼2013-07-14 08:25:41
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suguolian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 孙妙妙 at 2013-05-08 19:33:48
我已经做完实验,分享下心得,其实RACE引物的设计不难,首先要搞清楚不论是5'还是3',都是以正义链来看方向的,所以3'RACE的引物是以反义链为模板,朝正义链3'的方向走(其实也想当于我们平时设计的上游引物),只 ...

我已得到了800bp作用的序列,现根据其设计了3‘RACE的引物,用的是宝生物的3’full RACe试剂盒,可以吗?之前做了两次没成功,也不知道是什么原因。做race的引物要很靠近末端吗?一般最大距离可到多少啊?我5‘end还有700多bp没测出,可做5’RACE吗?新手,请指导……
20楼2013-09-28 21:50:15
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