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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS做CDOCKER问题请教
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yu15742837

金虫 (正式写手)

[求助] DS做CDOCKER问题请教

用DS的CDOCKER做对接，对结果的评价主要看哪几个参数，具体值是大还是小的好？

本人初涉此行，望各位高人不吝赐教，万分感激！！
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1楼 2012-03-24 23:06:03
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-26 21:04:15
看结果中对接的Score 啊 必须滴
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
2楼2012-03-26 16:43:56
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yu15742837: 金币+2, ★★★很有帮助, CDOCKER interaction energy值是大好还是小的好？-CDOCKER energy值又有什么意义呢？ 2012-03-27 09:19:20
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-27 09:44:33
CDOCKER主要有两个结果评价函数，一个是CDOCKER energy，另一个是CDOCKER interaction energy，如果不借助其他评价方法的话，这两个函数一般都是用后一个。
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努力，拼搏
3楼2012-03-27 08:47:44
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yu15742837

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ts2009 at 2012-03-26 16:43:56:
看结果中对接的Score 啊 必须滴

cdocker是没有Score的。
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4楼2012-03-27 09:19:50
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-01 11:56:54
CDOCKER interaction energy一般是负值，所以其结果表示的时候前面都会加负号，所以—CDOCKER interaction energy越大越好。
CDOCKER interaction energy是包含在CDOCKER energy中的，不过看文献上报道一般还是用—CDOCKER interaction energy来评价的
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努力，拼搏
5楼2012-04-01 09:25:29
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gg05

铜虫 (初入文坛)
具体是-2好还是-2000好呢？
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6楼2013-02-04 13:42:06
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