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tnfcqsl

木虫 (小有名气)

[求助] 小白问题:吉布斯自由能和活化能

请教各位一个小白问题:
通过Gaussian03计算出某一分子的不同构象,result中给出的是各个构象结构的能量(如其一为-1300.70562872 Hartree),那么其吉布斯自由能该如何计算呢?活化能呢?
多谢各位!
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

★ ★ ★ ★ ★
小红豆: 金币+5, 3x 2012-03-21 18:41:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by tnfcqsl at 2012-03-20 22:26:41:
多谢楼上的专家!您解释得很清楚,谢谢!
我是请人帮做的计算,自己只有GaussView,所以看来是没法儿计算吉布斯自由能了。至于活化能,我还真没弄明白是您所提出的几种中的哪一个,文献中只写了free energy of a ...

既然是free energy of activation那当然就是活化自由能,在恒温恒压条件下(多数都是这个条件)也就是吉布斯自由能,偶尔的恒温恒容条件下指亥姆霍兹自由能。这个活化自由能,是需要通过确认反应机理然后计算过渡态得出来的。当然,做实验通过测定不同温度下的反应速率常数再拟合也是可以得到的。而实验得到的是表观活化能,属于阿雷尼乌兹活化能,或者用eyning公式拟合,还可以得到活化焓、活化熵以及活化吉布斯自由能。
至于ABC体系对比,永远是能量最低的最稳定。。当然,如果是没有考虑溶剂条件那么计算的数据就不准确。偶极大的容易溶于极性溶剂,原本能量稍高的大偶极矩分子在极性溶液中可能自由能就变成最低的,那稳定性对比就改变了。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2012-03-21 12:31:21
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查看全部 7 个回答

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小红豆: 金币+5, 3x 2012-03-20 22:16:42
tnfcqsl: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢您的帮助!谢谢! 2012-03-21 13:48:58
result中给出的能量不是体系能量,是体系中电子的能量。。。
要做频率分析以后,根据当前的温度、压力,计算出分子的平动、转动、振动的能量,以及核斥能,得到总的热力学内能——需要经过零点能矫正,再加上PV项得到焓值,再通过统计力学计算出分子的平动熵、转动熵、振动熵,计算总的熵值,乘以温度后,用焓值减去此项,得到吉布斯自由能值。
虽然看起来复杂,但只要你优化以后用一个freq命令就都可以得到,gaussian直接给出你要的结果。
至于活化能,请明确指出你说的是阿累尼乌斯活化能还是活化吉布斯自由能还是活化焓,这几项都是能量,含义不同。如果要计算,需要你寻找合适的反应机理,寻找正确的过渡态才能得到。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2012-03-20 21:22:38
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tnfcqsl

木虫 (小有名气)

多谢楼上的专家!您解释得很清楚,谢谢!
我是请人帮做的计算,自己只有GaussView,所以看来是没法儿计算吉布斯自由能了。至于活化能,我还真没弄明白是您所提出的几种中的哪一个,文献中只写了free energy of activation,在我看来,就是例如两个构象相互转化时所需的能量,这个不知对否,还请指正。
此外还有一个问题想请教:若计算得到3种低能结构A、B、C,A的能量最低,而C的偶极矩最大,那么,哪一种结构更稳定呢?
还请不吝赐教,多谢!
3楼2012-03-20 22:26:41
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dreampattern

木虫 (正式写手)

金木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小红豆: 金币+3, 3x 2012-03-21 18:40:50
活化能可以理解为能量差,或者能累,如果你能够求出两个状态下的吉布斯自由能,那么这两个状态下的吉布斯自由能之差可以看成是活化能,从一个状态激发到另外一个状态需要的能量。
科研和艺术一样,都是自由的。你可以自由地做自己喜欢的科研,这是最高的境界,心要淡定。
4楼2012-03-21 07:39:30
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