24小时热门版块排行榜    

查看: 2658  |  回复: 6
【奖励】 本帖被评价5次,作者ter20增加金币 4

ter20

铁杆木虫 (正式写手)


[资源] 通过电子密度和静电势两个cube文件直接在GV中做静电势图

看到板上有一篇通过fchk文件在GV中做静电势图的文章“分子的静电势的物理意义与图形表达”:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1091031。但是经常我们遇到的分子比较大时,通过GV产生密度时速度会很慢,所以这里我分享一下我的做法。

1. 在服务器上通过cubegen命令对fchk文件操作,产生电子密度和静电势的两个cube文件,e.g.,
cubegen 0 density test.fchk Density.cube 0 h
cubegen 0 potential test.fchk Potential.cube 0 h

2. 用GV打开Potential.cube -- Cube Actions -- Load Cube (载入Density.cube)-- Surface Actions -- New Mapped Surface -- 确定即可

不知道有没有朋友已经发过了,这里只是分享一下,希望能够对大家有所帮助。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

lywiailyw 作图

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iconsdkxq7

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

有帮助,呵呵
2楼2012-03-21 17:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

有用,谢谢。
3楼2012-12-07 21:56:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renlangfen

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

很感谢楼主的分享,本人小白一枚,只想知道fchk文件中是不是对电荷有了计算,pop=npa或是orbitals之类的。不甚感谢
6楼2014-09-11 15:31:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ter20

铁杆木虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by renlangfen at 2014-09-11 15:31:45
很感谢楼主的分享,本人小白一枚,只想知道fchk文件中是不是对电荷有了计算,pop=npa或是orbitals之类的。不甚感谢

不需要,fchk里默认都有了EP的计算
7楼2014-09-20 15:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
阡陌蔓4楼
2013-04-20 16:12   回复  
五星好评  
Quan.5楼
2013-04-23 06:49   回复  
五星好评  谢谢分享!!!!!!!!!!
相关版块跳转 我要订阅楼主 ter20 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +4 share_joy 2026-03-16 4/200 2026-03-17 21:32 by hmn_wj
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +3 脱颖而出 2026-03-16 6/300 2026-03-17 21:19 by z1z2z3879
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 7/350 2026-03-17 20:20 by 花125533
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 化学工程321分求调剂 +11 大米饭! 2026-03-15 14/700 2026-03-17 17:11 by ruiyingmiao
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 工科,求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂(食品/专硕) +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
请填处理意见