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ter20

铁杆木虫 (正式写手)


[资源] 通过电子密度和静电势两个cube文件直接在GV中做静电势图

看到板上有一篇通过fchk文件在GV中做静电势图的文章“分子的静电势的物理意义与图形表达”:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1091031。但是经常我们遇到的分子比较大时,通过GV产生密度时速度会很慢,所以这里我分享一下我的做法。

1. 在服务器上通过cubegen命令对fchk文件操作,产生电子密度和静电势的两个cube文件,e.g.,
cubegen 0 density test.fchk Density.cube 0 h
cubegen 0 potential test.fchk Potential.cube 0 h

2. 用GV打开Potential.cube -- Cube Actions -- Load Cube (载入Density.cube)-- Surface Actions -- New Mapped Surface -- 确定即可

不知道有没有朋友已经发过了,这里只是分享一下,希望能够对大家有所帮助。
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renlangfen

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

很感谢楼主的分享,本人小白一枚,只想知道fchk文件中是不是对电荷有了计算,pop=npa或是orbitals之类的。不甚感谢
6楼2014-09-11 15:31:45
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903566945

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

有用,谢谢。
3楼2012-12-07 21:56:55
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by renlangfen at 2014-09-11 15:31:45
很感谢楼主的分享,本人小白一枚,只想知道fchk文件中是不是对电荷有了计算,pop=npa或是orbitals之类的。不甚感谢

不需要,fchk里默认都有了EP的计算
7楼2014-09-20 15:25:05
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Quan.5楼
2013-04-23 06:49   回复  
五星好评  谢谢分享!!!!!!!!!!
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