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xiaoyuanlong铜虫 (正式写手)
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antechamber是不认磷元素的么
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我在用antechamber计算季磷盐的resp电荷的时候，总是出现 + antechamber -fi gout -fo ac -i m-phos_resp.out -o m-phos.ac -j Error: cannot run "/home/xxx/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 这样的问题，无法生成 .ac文件，以至于 + respgen -i m-phos.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: m-phos.ac, exit respgen无法计算。 我算别的物质都没有这样的问题，计算季氨盐的时候只不过就是换了个氮元素，就能计算，请教各路高手这个问题是antechamber不认识磷元素的原因么？如果是不认磷元素，改怎么办呢？如果不是，怎么让我计算下去呢？求解答。不胜感激 季磷盐（PCH3CH3CH3C2H5Cl） 季氨盐（NCH3CH3CH3C2H5Cl） |
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xiaoyuanlong
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我在用antechamber计算季磷盐的resp电荷的时候，总是出现 + antechamber -fi gout -fo ac -i m-phos_resp.out -o m-phos.ac -j Error: cannot run "/home/xxx/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 输入antechamber -fi gout -fo ac -i e-phos_resp.out -o e-phos.ac -j 4命令 提示Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/zhengxy/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 这样的问题，无法生成 .ac文件，以至于 + respgen -i m-phos.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: m-phos.ac, exit respgen无法计算。 我算别的物质都没有这样的问题，计算季氨盐的时候只不过就是换了个氮元素，就能计算，请教各路高手这个问题是antechamber不认识磷元素的原因么？如果是不认磷元素，改怎么办呢？如果不是，怎么让我计算下去呢？求解答。不胜感激 季磷盐（PCH3CH3CH3C2H5Cl） 季氨盐（NCH3CH3CH3C2H5Cl） |
2楼2012-03-18 14:29:45
3楼2012-03-27 10:08:42