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p452_1至尊木虫 (知名作家)
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交流：水上加氢原子精修讨论已有19人参与
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游离氧原子上头都要求加氢原子，如果不加氢原子，在checkcif时候肯定是A类问题。如果氢原子加了以后，精修不好，也会产生很多的问题，比如氢原子的键长键角问题、氢原子的热参数问题以及氢键问题等。 水上加氢原子，一般要求找合适的q峰，命名为相应的氢原子后进行精修。 1、水上的氢原子不是必然要使用'dfix ' or 'afix '命令。'dfix '是约束命令，而'afix '是固定命令。只有在水分子上的氢原子不能很好精修的时候才使用这些命令，并且，建议一般使用'dfix '命令，因为'afix '命令一般用于C上的理想的氢原子固定，这样的氢原子不需要参与精修。'dfix '命令行一般表述为： dfix 0.84 O1 H1a O1 H1b (限制键长，0.84 A 可以改变) dfix 1.46 H1a H1b （限制键角，一般理想的O与2个氢原子的键角为120度。数值也可以改变） 2、在精修的时候，水分子上头的氢原子的热参数往往不是过大就是过小，极不稳定。这时候，一般就把氢原子的热参数固定为与它键连的氧原子热参数的1.2 or 1.5。标示为 '-1.20000' or '-1.50000'。这个数字表示氢原子的热参数固定了，不再参与精修了，与'dfix ' or 'afix '命令没有必然的联系。 3、有时候会在ins或者res文件里看到'rem'三个字母，可以理解为是'remove'的意思。如果'rem'放在了某个指令的前面，表示这个指令已经被取消，在这里就相当于'remind'，提醒你曾经使用过这个指令，但是效果不好，或者没有必要使用这个命令，已经删除了。比如看到rem afix, 表示这个afix命令已经取消了。 4、水分子的氢原子的取向应该适合形成氢键，这样整个结构最稳定和合理。 以上仅为个人经验所得，欢迎各位朋友批评、修正和补充。 |
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p452_1
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PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H4WB .. H4WB .. 1.62 Ang. 这个问题说明这个氢原子的位置不对。你可以删掉H4WB重新找合适的q峰。 PLAT355_ALERT_3_A Long O-H Bond (0.82A) O2W - H2WB ... 1.18 Ang. 这个问题也有可能是上头的原因，也可能不是。所以一种方法你可以在DFIX命令中降低0.85数值，进行精修，关键是要O2W - H2WB ... 1.18 Ang. 中的1.18收敛到接近0.82，这才是你的目的。 |
26楼2013-04-04 17:40:56
lsb1022
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3楼2012-03-17 08:36:29
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p452_1: 回帖置顶 2012-03-17 17:33:51
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补充一点： 有时候开头使用'dfix ' 命令，来约束水上的氢原子，但是在精修时候这种约束达不到理想的效果，这种时候就果断使用 'afix '命令来固定氢原子，把氢原子的热参数设为'-1.20000' ，意味着这个水上的氢原子的原子坐标和热参数都固定，不参与精修。一般命令行表述为： afix 3 H1a 2 +++ *** -1.20000 （依次为序数、原子坐标、占有率、热参数） H1b +++++ (同上) afix 0 afix 0 表示固定原子范围结束。使用了'afix '命令后，前头使用的 'dfix ' 命令就不再起作用，可以去掉了，再精修。否则cif文件里的restraint的数目还会把这些 'dfix ' 命令算进去的。 |
6楼2012-03-17 17:33:02