| 查看: 4591 | 回复: 37 | ||||||||||
| 本帖产生 1 个 CMEI ，点击这里进行查看 | ||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||
p452_1至尊木虫 (知名作家)
|
[交流]
交流：水上加氢原子精修讨论 已有19人参与
|
|||||||||
|
游离氧原子上头都要求加氢原子，如果不加氢原子，在checkcif时候肯定是A类问题。如果氢原子加了以后，精修不好，也会产生很多的问题，比如氢原子的键长键角问题、氢原子的热参数问题以及氢键问题等。 水上加氢原子，一般要求找合适的q峰，命名为相应的氢原子后进行精修。 1、水上的氢原子不是必然要使用'dfix ' or 'afix '命令。'dfix '是约束命令，而'afix '是固定命令。只有在水分子上的氢原子不能很好精修的时候才使用这些命令，并且，建议一般使用'dfix '命令，因为'afix '命令一般用于C上的理想的氢原子固定，这样的氢原子不需要参与精修。'dfix '命令行一般表述为： dfix 0.84 O1 H1a O1 H1b (限制键长，0.84 A 可以改变) dfix 1.46 H1a H1b （限制键角，一般理想的O与2个氢原子的键角为120度。数值也可以改变） 2、在精修的时候，水分子上头的氢原子的热参数往往不是过大就是过小，极不稳定。这时候，一般就把氢原子的热参数固定为与它键连的氧原子热参数的1.2 or 1.5。标示为 '-1.20000' or '-1.50000'。这个数字表示氢原子的热参数固定了，不再参与精修了，与'dfix ' or 'afix '命令没有必然的联系。 3、有时候会在ins或者res文件里看到'rem'三个字母，可以理解为是'remove'的意思。如果'rem'放在了某个指令的前面，表示这个指令已经被取消，在这里就相当于'remind'，提醒你曾经使用过这个指令，但是效果不好，或者没有必要使用这个命令，已经删除了。比如看到rem afix, 表示这个afix命令已经取消了。 4、水分子的氢原子的取向应该适合形成氢键，这样整个结构最稳定和合理。 以上仅为个人经验所得，欢迎各位朋友批评、修正和补充。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 晶体 | 晶体解析相关 | 专用帖子集 | 收藏 |
| 单晶解析问题集锦 | 精粹 | 淘帖 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
ylt» 猜你喜欢
【高校联合举办】2026年第五届服务机器人国际会议（ICoSR 2026）
已经有0人回复
-
深圳大学化学与环境工程学院超分子团队招收2026级申请-考核制博士生
已经有8人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有208人回复
-
中南大学化学化工学院易小艺教授课题组招收2026级博士研究生（第二轮）
已经有0人回复
-
求助
已经有0人回复
-
0703化学26考研调剂，一志愿南昌大学
已经有2人回复
-
有没有化学、材料专业的同学需要调剂 考虑天津高效的可以邮件或者私信
已经有1人回复
-
26年博士招生
已经有15人回复
-
江西理工大学功能晶态材料方向刘遂军课题组招收2026年秋季入学博士研究生
已经有10人回复
-
宁夏大学团簇新材料团队招收材料/化学/化工专业博士生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 水上加氢
已经有3人回复
- 交流：晶体结构精修完了，生成完整的晶体结构报表指南
已经有18人回复
- 非氢原子多，怎么加氢呢？
已经有3人回复
- 如何在氢键的方向上加氢原子
已经有3人回复
- 【求助】为什么铂能催化加氢呢，能从原子角度给分析一下吗？
已经有4人回复
- 【讨论】含有配位键的金属原子在gaussian中如何计算单点能
已经有7人回复
- 【讨论】如何利用原子的运动轨迹计算扩散系数？
已经有15人回复
- 【讨论】原子/分子在金属表面的吸附过程中外层轨道初始宽化过程
已经有3人回复
- 【讨论】深问：原子轨道对分子轨道的贡献，函数如何如何归属到原子轨道里？
已经有3人回复
- 【交流】关于fullprof精修结果中的几个疑问？
已经有13人回复
mashulin
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 132 (高中生)
- 金币: 5434.7
- 散金: 20
- 红花: 4
- 帖子: 686
- 在线: 144.7小时
- 虫号: 297239
- 注册: 2006-11-18
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-03-17 08:36:29
lsb1022
金虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 3659.4
- 红花: 7
- 帖子: 1418
- 在线: 402.2小时
- 虫号: 884536
- 注册: 2009-10-26
- 性别: GG
- 专业: 原子簇化学
2楼2012-03-17 08:30:45
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
p452_1: 回帖置顶 2012-03-17 17:33:51
|
补充一点： 有时候开头使用'dfix ' 命令，来约束水上的氢原子，但是在精修时候这种约束达不到理想的效果，这种时候就果断使用 'afix '命令来固定氢原子，把氢原子的热参数设为'-1.20000' ，意味着这个水上的氢原子的原子坐标和热参数都固定，不参与精修。一般命令行表述为： afix 3 H1a 2 +++ *** -1.20000 （依次为序数、原子坐标、占有率、热参数） H1b +++++ (同上) afix 0 afix 0 表示固定原子范围结束。使用了'afix '命令后，前头使用的 'dfix ' 命令就不再起作用，可以去掉了，再精修。否则cif文件里的restraint的数目还会把这些 'dfix ' 命令算进去的。 |
6楼2012-03-17 17:33:02
7楼2012-03-17 18:10:30
20