| 查看: 3278 | 回复: 37 | ||||||||||
| 本帖产生 1 个 CMEI ，点击这里进行查看 | ||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||
p452_1至尊木虫 (知名作家)
|
[交流]
交流：水上加氢原子精修讨论已有19人参与
|
|||||||||
|
游离氧原子上头都要求加氢原子，如果不加氢原子，在checkcif时候肯定是A类问题。如果氢原子加了以后，精修不好，也会产生很多的问题，比如氢原子的键长键角问题、氢原子的热参数问题以及氢键问题等。 水上加氢原子，一般要求找合适的q峰，命名为相应的氢原子后进行精修。 1、水上的氢原子不是必然要使用'dfix ' or 'afix '命令。'dfix '是约束命令，而'afix '是固定命令。只有在水分子上的氢原子不能很好精修的时候才使用这些命令，并且，建议一般使用'dfix '命令，因为'afix '命令一般用于C上的理想的氢原子固定，这样的氢原子不需要参与精修。'dfix '命令行一般表述为： dfix 0.84 O1 H1a O1 H1b (限制键长，0.84 A 可以改变) dfix 1.46 H1a H1b （限制键角，一般理想的O与2个氢原子的键角为120度。数值也可以改变） 2、在精修的时候，水分子上头的氢原子的热参数往往不是过大就是过小，极不稳定。这时候，一般就把氢原子的热参数固定为与它键连的氧原子热参数的1.2 or 1.5。标示为 '-1.20000' or '-1.50000'。这个数字表示氢原子的热参数固定了，不再参与精修了，与'dfix ' or 'afix '命令没有必然的联系。 3、有时候会在ins或者res文件里看到'rem'三个字母，可以理解为是'remove'的意思。如果'rem'放在了某个指令的前面，表示这个指令已经被取消，在这里就相当于'remind'，提醒你曾经使用过这个指令，但是效果不好，或者没有必要使用这个命令，已经删除了。比如看到rem afix, 表示这个afix命令已经取消了。 4、水分子的氢原子的取向应该适合形成氢键，这样整个结构最稳定和合理。 以上仅为个人经验所得，欢迎各位朋友批评、修正和补充。 |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 晶体 | 晶体解析相关 | 专用帖子集 | 收藏 |
| 单晶解析问题集锦 | 精粹 | 淘帖 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
ylt» 猜你喜欢
中原工学院邵志超副教授课题组招收调剂生2名
已经有0人回复
-
我校 有两个085601 材料工程调剂名额
已经有0人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有254人回复
-
求博导推荐和带走
已经有1人回复
-
求助下载两个cif文件，ccdc：2193452，2307399
已经有0人回复
-
深圳信息职业技术学院2024年外籍教师招聘公告
已经有1人回复
-
20金币求助CIF文件
已经有0人回复
-
请教，Diamond能不能测任意两个化学键的夹角？
已经有1人回复
-
50金币帮忙下载间苯二甲酸分子的晶体cif文件和CCDC号
已经有1人回复
-
求大佬帮忙看下，加氢及精修方式的描述是否正确
已经有1人回复
-
荧光寿命中的τave是什么
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 水上加氢
已经有3人回复
- 交流：晶体结构精修完了，生成完整的晶体结构报表指南
已经有18人回复
- 非氢原子多，怎么加氢呢？
已经有3人回复
- MS做XRD精修时，掺杂原子怎么弄进去?
已经有4人回复
- 如何在氢键的方向上加氢原子
已经有3人回复
- 【求助】为什么铂能催化加氢呢，能从原子角度给分析一下吗？
已经有4人回复
- 【讨论】含有配位键的金属原子在gaussian中如何计算单点能
已经有7人回复
- 【讨论】如何利用原子的运动轨迹计算扩散系数？
已经有15人回复
- 【讨论】原子/分子在金属表面的吸附过程中外层轨道初始宽化过程
已经有3人回复
- 【讨论】深问：原子轨道对分子轨道的贡献，函数如何如何归属到原子轨道里？
已经有3人回复
- 【交流】关于fullprof精修结果中的几个疑问？
已经有13人回复
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
p452_1: 回帖置顶 2012-03-17 17:33:51
|
补充一点： 有时候开头使用'dfix ' 命令，来约束水上的氢原子，但是在精修时候这种约束达不到理想的效果，这种时候就果断使用 'afix '命令来固定氢原子，把氢原子的热参数设为'-1.20000' ，意味着这个水上的氢原子的原子坐标和热参数都固定，不参与精修。一般命令行表述为： afix 3 H1a 2 +++ *** -1.20000 （依次为序数、原子坐标、占有率、热参数） H1b +++++ (同上) afix 0 afix 0 表示固定原子范围结束。使用了'afix '命令后，前头使用的 'dfix ' 命令就不再起作用，可以去掉了，再精修。否则cif文件里的restraint的数目还会把这些 'dfix ' 命令算进去的。 |
6楼2012-03-17 17:33:02
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
9楼2012-03-24 19:10:43
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
11楼2012-03-25 16:39:05
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
13楼2012-03-26 01:03:54
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
17楼2012-04-13 02:41:14
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
21楼2013-03-10 18:33:30
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
24楼2013-03-12 15:58:44
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
|
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H4WB .. H4WB .. 1.62 Ang. 这个问题说明这个氢原子的位置不对。你可以删掉H4WB重新找合适的q峰。 PLAT355_ALERT_3_A Long O-H Bond (0.82A) O2W - H2WB ... 1.18 Ang. 这个问题也有可能是上头的原因，也可能不是。所以一种方法你可以在DFIX命令中降低0.85数值，进行精修，关键是要O2W - H2WB ... 1.18 Ang. 中的1.18收敛到接近0.82，这才是你的目的。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
26楼2013-04-04 17:40:56
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
28楼2013-04-04 18:21:05
20