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Abinit 建模疑问 已有1人参与
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初始学习Abinit建模，使用在论坛里面其他人的经验帖来建模，还是有很多疑问。请熟悉的老师和同学来解答一下。 我想构建一个单斜的A2BCO6的晶体结构，已经确认是单胞。把参数输入MS后导出的cif文件如下， data_111 _audit_creation_date _audit_creation_method 'Materials Studio' _symmetry_space_group_name_H-M 'P21/C' _symmetry_Int_Tables_number 14 _symmetry_cell_setting monoclinic loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z -x,y+1/2,-z+1/2 -x,-y,-z x,-y+1/2,z+1/2 _cell_length_a 7.5400 _cell_length_b 5.5180 _cell_length_c 9.2014 _cell_angle_alpha 90.0000 _cell_angle_beta 145.0284 _cell_angle_gamma 90.0000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy O1 -0.63500 0.30700 -0.19300 0.00000 Uiso 1.00 O2 0.74900 0.19300 0.30700 0.00000 Uiso 1.00 A -0.73100 0.06800 -0.48100 0.00000 Uiso 1.00 O3 0.13900 0.46100 0.38900 0.00000 Uiso 1.00 B -0.00000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 C -0.50000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1303613 这个帖子里面提到的用这种方法建模，提取 a b c 角度 原子坐标即可建模，由于下面要涉及到计算磁性，需要对B和C原子的自旋进行设定，所以有一个疑问，设定自旋的时候只设定B和C两个原子的有磁矩吗？如果我想设定更丰富的磁结构，比如B的次格子内部还有反铁磁的排列，这样建模是不是就不行了？ 同时我对同一个MS建的模型，后也取了.cell文件，发现如下： %BLOCK LATTICE_CART -0.000000000000001 0.000000000000001 7.540000000000000 0.000000000000000 5.517999999999999 0.000000000000000 -5.274000000000000 0.000000000000000 -7.540000000000001 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC O -0.6349999999999999 0.3070000000000002 -0.1929999999999999 O 0.7489999999999998 0.1930000000000000 0.3069999999999997 O 0.1389999999999998 0.4609999999999999 0.3889999999999998 O 0.6349999999999998 0.8070000000000002 0.6929999999999998 O -0.7489999999999999 0.6930000000000001 0.1930000000000003 O -0.1389999999999999 0.9610000000000000 0.1110000000000001 O 0.6349999999999998 -0.3070000000000002 0.1929999999999998 O -0.7489999999999999 -0.1930000000000000 -0.3069999999999997 O -0.1389999999999999 -0.4610000000000000 -0.3889999999999999 O -0.6349999999999999 0.1929999999999998 0.3070000000000001 O 0.7489999999999999 0.3070000000000001 0.8069999999999997 O 0.1389999999999999 0.0390000000000001 0.8889999999999998 C -0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 C -0.0000000000000000 1.0000000000000000 -0.0000000000000000 B -0.5000000000000000 -0.0000000000000000 -0.0000000000000000 B 0.4999999999999999 0.5000000000000000 0.5000000000000000 A -0.7310000000000000 0.0680000000000001 -0.4809999999999999 A 0.7310000000000000 0.5680000000000002 0.9809999999999999 A 0.7310000000000000 -0.0680000000000001 0.4809999999999999 A -0.7310000000000000 0.4319999999999999 0.0190000000000001 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 对比发现，同样的结构，在.cell文件中原子达到20个，这我能理解，应该是对称性操作后照成的，但是“%BLOCK LATTICE_CART” 一项应该怎么和 cif中的a b c 相对应呢？它们之间有什么关系呢？是不是rprim？该怎么求出rprim？ |
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3楼2012-03-16 17:03:06
sars518
木虫 (著名写手)
小木虫灌水大队队长
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