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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求教 4,4’-联吡啶 环中无序的处理
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songxiao60

银虫 (小有名气)

[求助] 求教 4,4’-联吡啶 环中无序的处理

晶体结晶与 C2/M 空间群 ，其中 4,4’-联吡啶 中有两个C 无序， grow后 总是相应出现在另外两个位置的，，而与之对应的边上的两个C 不是无序。从而 导致整个环扭曲的很厉害。求教如何做好无序，以便换 堆积图。

[ Last edited by songxiao60 on 2012-3-15 at 10:49 ]
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荣辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫随天外云卷云舒！
1楼 2012-03-15 10:45:46
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mashulin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用platon升一下空间群，通常能够解决。
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2楼2012-03-15 11:37:19
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songxiao60

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mashulin at 2012-03-15 11:37:19:
用platon升一下空间群，通常能够解决。

platon 显示空间群是对的 。不能在转了呀 。
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荣辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫随天外云卷云舒！
3楼2012-03-15 12:53:21
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mashulin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
huangjr: 金币+1, 感谢热心帮助~ 2012-03-18 15:18:37
用omit删除坏点后进一步精修。
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4楼2012-03-15 12:56:32
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r2rr2r

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 感谢热心帮助~ 2012-03-18 15:18:53
将对应两个C强行劈分，修几轮后用flat或者afix 66命令限制环平面。一般可以解决。
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5楼2012-03-16 11:10:49
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songxiao60

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mashulin at 2012-03-15 12:56:32:
用omit删除坏点后进一步精修。

这个结构的数据还是不错的 ，但是的出来的 吡啶环扭曲的很厉害 ，有篇类似结构的文献 上 测了三个不同的温度，三个结构的 吡啶环都是扭曲的。 但是他最后做的图确看不出来扭曲。
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荣辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫随天外云卷云舒！
6楼2012-03-16 11:30:06
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songxiao60

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by r2rr2r at 2012-03-16 11:10:49:
将对应两个C强行劈分，修几轮后用flat或者afix 66命令限制环平面。一般可以解决。

您的意思是没有无序的那两个C也劈分？ 我试过了 ，但是 最后 无序的 都找不到在一个平面的 ，我用了 flat 一点反应都没有 ，照样无序啊。
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荣辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫随天外云卷云舒！
7楼2012-03-16 11:32:20
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r2rr2r

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
songxiao60: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 很感谢您的帮助 ，辛苦了！ 2012-03-20 16:42:10
是否可以把res文件发到r2r@sina.com看看实际情况？
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8楼2012-03-16 12:42:54
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etin

荣誉版主 (知名作家)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 感谢热心帮助~ 2012-03-18 15:19:17
可以固定平面，让他们不相对移动
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淡定如风，坚毅如艾
9楼2012-03-17 10:24:05
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yulaoban

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 欢迎回帖交流~ 2012-03-18 15:19:40
个人觉得还是楼上那位说得，刚性基团的固定，一般是用AFIX把~ 不过共平面处理也可以用到Flat~（最少是四个原子）
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在对的时间，遇见对的人，是一生幸福...
10楼2012-03-18 10:37:27
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