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Amber MM_PBSA报错
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小弟在计算MM_PBSA最后一步的binding时，出现以下报错： /usr/local/amber8/exe/pbsa -O -i pbsa.in -o pbsa_com.1.out -c ../01GenerateSnapshots/snapshots/N-D_com.crd.1 -p ../N-D_complex_vac.prmtop not successful，在生成的pbsa_com.1.out文件里报错是PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted 。 我上网搜了搜，试了试大家讲的把pbsa.in 里的space改动到0.75，1和1.25，把fillratio值加入为3或者是4，结果还是报错，pbsa_com.1.out文件末是 PB Bomb in epsbnd(): No neighbor found for exposed boundary grid 92 103 61 请大家不吝赐教！！！谢谢！ 急急急呀！！！ |
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mengyan142
木虫 (小有名气)
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你确定你的配体受体设定的是对的？ 
2楼2012-06-08 23:26:23