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幺幺甲

银虫 (小有名气)

[求助] 在基因上找特异结合位点的方法

我想在基因组上找特异的基因位点，如：TGGNNNNNNGCCAA，但是在NCBI的BLAST中不识别这种短且中间有不确定碱基的序列，哪位知道还有什么方法在基因组上找到类似短序列的方法吗?先谢谢大家的指点了~
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1楼 2012-03-12 10:50:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yangbin1

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
幺幺甲(金币+10): ★有帮助, 愚钝的我还木有弄明白··· 2012-03-14 09:38:46
artemis软件可以找。先下载安装java，之后安装上artemis。都是免费的，很好用。artemis里选用goto功能即可。
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2楼2012-03-13 09:30:53
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普通回帖

幺幺甲

银虫 (小有名气)
内容已删除
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3楼2012-03-13 18:42:41
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
自己顶一下···
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4楼2012-03-15 09:18:54
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
沉了··顶一下。  难道没有人知道？？？？   不会吧·····
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5楼2012-03-16 09:36:23
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
6楼2012-03-16 09:37:26
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
★ ★
西瓜: 金币+2, 周末人少，不急哈~ 2012-03-17 14:57:21
7楼2012-03-17 08:44:57
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励应助 2012-03-17 14:57:35
不是特别理解你这个意思。
你可不可以找些同种功能的基因出来进行序列比对，找保守区，然后再与基因组进行比对呢
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勤奋、执着、专注，则无坚不破。
8楼2012-03-17 10:55:55
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gjs713 at 2012-03-17 10:55:55:
不是特别理解你这个意思。
你可不可以找些同种功能的基因出来进行序列比对，找保守区，然后再与基因组进行比对呢

在基因组上找到短序列的方法。短序列中有不确定碱基，如：TGGNNNNNNGCCAA。通常一些蛋白结合位点就是这样的序列。
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9楼2012-03-17 17:22:50
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幺幺甲

银虫 (小有名气)
10楼2012-03-19 15:54:38
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