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恩,关于分子动力学模拟蛋白质侧链构象的问题,
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我现在用分子动力学模拟一个蛋白质,其中有一个氨基酸对蛋白的活性非常关键,我想模拟这个氨基酸侧链在蛋白中,最佳的侧链构象(侧链的二面角分布等)和侧链在不同构象下变化所需要跨越的自由能能垒, 常规的分子动力学我觉得很难对所有的构象采样,所以问问大家有虾米好办法干这个事情没有.其实umbrella sampling方法也是一种，但是由于某些原因不能用这个方法， Locally enhanced sampling方法可行不，？。。各位大牛牛指点一下好不好啊，。。。  |
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