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lyl2ds

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 求助-基因克隆及引物设计的问题

我现在想克隆出一段基因，需要设计简并引物，我又7条序列通过clustal比对找出了保守区，想将这保守区的全长克隆出来，想请教下高人，帮我设计下简并引物！我是新手，请各位高人指教！

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附件 1 : cDNA比对结果.txt

2012-03-06 16:42:41, 15.85 K

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1楼2012-03-06 16:43:17

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守望者047

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，欢迎常来 2012-06-08 13:52:00

我们碰到的问题是一样的，所用的方法也是一样的，我要克隆的是某物种MHC的基因，您的第一步也是提取总的RNA和DNA吧，呵呵，我也在设计引物，准备以总RNA中相应的mRNA为模板RTPCR得到cDNA的第一条链，通过对7条其他物种MHC的mRNA的序列比对（用clustalx）找到了相对保守的序列，打算在5·端设计一个特异性引物，3·端先设计特异引物，不行就用Oligo（dT）；另一方面，根据文献中给出的cDNA序列找到同源性较高的区段，重新设计引物，以总DNA为模板PCR，对扩增出来的片段和DNA模板进行测序。两者比较可以找到相应的外显子和内含子序列。我也是分子新手，不敢确定这样做到底对不对，但还是希望能帮到您。