24小时热门版块排行榜    

查看: 1657  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 4 对接中考虑水分子吗?

请问:autodock 4 对接中考虑水分子吗?
          应该保留水分子,还是应该删除,如果删除了,氢键作用该怎么处理?

         谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
5楼2012-04-02 17:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 感谢菜兄 2012-03-01 07:23:23
大多数情况下是可以删除水分子的,少数情况才保留水分子,如HIV蛋白里面的水分子在多个晶体构像里面都含有,认为是必要的水分子。
2楼2012-03-01 00:26:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?
3楼2012-03-01 08:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by merryapple at 2012-03-01 08:34:23:
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?

ligand和protein 的氢键问什么不考虑呢? 羰基氧 =O---H-N  这明显的氢键呀:) 如果配体上的基团能取代水分子的位置,则可以是等同的效果。
4楼2012-03-02 10:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 号外号外 +8 GZUZM 2026-08-24 8/400 2026-08-24 19:22 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 人气不行了 +9 fansofjerry 2026-08-21 9/450 2026-08-24 17:48 by zhaozhengxin
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +5 scalable 2026-08-24 5/250 2026-08-24 17:03 by spiderzhuzhi
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见