24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1492  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 4 对接中考虑水分子吗?

请问:autodock 4 对接中考虑水分子吗?
          应该保留水分子,还是应该删除,如果删除了,氢键作用该怎么处理?

         谢谢!
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
5楼2012-04-02 17:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 感谢菜兄 2012-03-01 07:23:23
大多数情况下是可以删除水分子的,少数情况才保留水分子,如HIV蛋白里面的水分子在多个晶体构像里面都含有,认为是必要的水分子。
2楼2012-03-01 00:26:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?
3楼2012-03-01 08:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by merryapple at 2012-03-01 08:34:23:
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?

ligand和protein 的氢键问什么不考虑呢? 羰基氧 =O---H-N  这明显的氢键呀:) 如果配体上的基团能取代水分子的位置,则可以是等同的效果。
4楼2012-03-02 10:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295分求调剂 +3 ?要上岸? 2026-04-17 3/150 2026-04-17 13:34 by 学员JpLReM
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +23 hualkop 2026-04-12 25/1250 2026-04-16 22:12 by SUSE_CL
[考研] 294求调剂 +14 淡然654321 2026-04-15 14/700 2026-04-16 21:01 by lpl364211
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 药学305求调剂 +7 玛卡巴卡boom 2026-04-11 7/350 2026-04-15 13:21 by 西北望—风沙
[考研] 211本科材料化工求调剂 +19 YHLAH 2026-04-11 23/1150 2026-04-14 22:25 by fenglj492
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 食品与营养(0955)271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 农学0904 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-11 4/200 2026-04-14 09:10 by zs92450
[考研] 考研求调剂 +12 子木呐 2026-04-12 13/650 2026-04-14 01:19 by 王珺璞
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 求调剂 +3 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 14:13 by luhong1990
信息提示
请填处理意见