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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 4 对接中考虑水分子吗？
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merryapple

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 4 对接中考虑水分子吗？

请问：autodock 4 对接中考虑水分子吗？
          应该保留水分子，还是应该删除，如果删除了，氢键作用该怎么处理？

         谢谢！
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merryapple

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1楼2012-02-29 11:56:18
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 感谢菜兄 2012-03-01 07:23:23
大多数情况下是可以删除水分子的，少数情况才保留水分子，如HIV蛋白里面的水分子在多个晶体构像里面都含有，认为是必要的水分子。
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2楼2012-03-01 00:26:56
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merryapple

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
请问：如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键，怎么办？不用考虑吗？
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3楼2012-03-01 08:34:23
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by merryapple at 2012-03-01 08:34:23:
请问：如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键，怎么办？不用考虑吗？

ligand和protein 的氢键问什么不考虑呢？ 羰基氧 =O---H-N  这明显的氢键呀：） 如果配体上的基团能取代水分子的位置，则可以是等同的效果。
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4楼2012-03-02 10:39:21
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longytu
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
5楼2012-04-02 17:26:25
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