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merryapple

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 4 对接中考虑水分子吗?

请问:autodock 4 对接中考虑水分子吗?
          应该保留水分子,还是应该删除,如果删除了,氢键作用该怎么处理?

         谢谢!
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merryapple

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?
3楼2012-03-01 08:34:23
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 感谢菜兄 2012-03-01 07:23:23
大多数情况下是可以删除水分子的,少数情况才保留水分子,如HIV蛋白里面的水分子在多个晶体构像里面都含有,认为是必要的水分子。
2楼2012-03-01 00:26:56
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by merryapple at 2012-03-01 08:34:23:
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?

ligand和protein 的氢键问什么不考虑呢? 羰基氧 =O---H-N  这明显的氢键呀:) 如果配体上的基团能取代水分子的位置,则可以是等同的效果。
4楼2012-03-02 10:39:21
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chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
5楼2012-04-02 17:26:25
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