24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1485  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 4 对接中考虑水分子吗?

请问:autodock 4 对接中考虑水分子吗?
          应该保留水分子,还是应该删除,如果删除了,氢键作用该怎么处理?

         谢谢!
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

merryapple

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?
3楼2012-03-01 08:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 感谢菜兄 2012-03-01 07:23:23
大多数情况下是可以删除水分子的,少数情况才保留水分子,如HIV蛋白里面的水分子在多个晶体构像里面都含有,认为是必要的水分子。
2楼2012-03-01 00:26:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by merryapple at 2012-03-01 08:34:23:
请问:如果ligand的羰基氧和protein之间NH有氢键,怎么办?不用考虑吗?

ligand和protein 的氢键问什么不考虑呢? 羰基氧 =O---H-N  这明显的氢键呀:) 如果配体上的基团能取代水分子的位置,则可以是等同的效果。
4楼2012-03-02 10:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
5楼2012-04-02 17:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302求调剂 +7 易!? 2026-04-13 7/350 2026-04-13 10:59 by Faiz5552
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 272分材料子求调剂 +40 Loy0361 2026-04-10 52/2600 2026-04-12 19:23 by laoshidan
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 0854调剂 +4 长弓傲 2026-04-09 4/200 2026-04-11 09:18 by 猪会飞
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 273求调剂 +51 麦小叮当 2026-04-06 58/2900 2026-04-10 15:54 by jiajinhpu
[考研] 机械专368 有去处吗 +4 种大树 2026-04-10 4/200 2026-04-10 15:31 by jiajinhpu
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH(等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
[考研] 334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 09:28 by wdyheheeh
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 085100建筑学 寻求跨专业调剂 一志愿南大294分 校级省级国家级奖项若干 踏实肯干 +3 1021075758 2026-04-06 4/200 2026-04-07 09:23 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见