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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 生成药效团时，化合物的手性问题
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win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 生成药效团时，化合物的手性问题

最近想用DS中的Hiphop做个药效团，但看文献用Catalyst做的比较多，想知道这两者的Hiphop有何异同呢？（貌似Catalyst中药效团的功能已经被整合到DS里面，但为什么文献中还是写用的Catalyst）
1. DS中的Hiphop与Catalyst中Hiphop区别？

2.我选取的化合物含有手性，对于手性化合物我该如何处理呢？在mae里我看到有3个选项：保留原有手性，从化合物三维结构决定或自动产生所有（这三个我也不知道选哪个？）。在DS中好像没看到这项设置。
请大家多多帮忙，不胜感激！
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win雨

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1楼 2012-02-27 17:15:09
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-28 18:56:57
如楼上所说，因为版本不同，得到的结果是有可能不同的。
对于化合物手型，一定要保持，如果是混旋体的实验数据，尽量不要用。
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5楼2012-02-28 15:38:04
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win雨

银虫 (小有名气)
自己顶一下吧 请各位多多给予指导 很着急啊！
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2楼2012-02-28 10:54:44
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
win雨(金币+10): ★有帮助 谢谢你！ 2012-02-28 18:01:04
chaizhm(金币+2): 2012-02-28 18:56:42
1. DS中的Hiphop与Catalyst中Hiphop区别？
没有什么区别
2.我选取的化合物含有手性，对于手性化合物我该如何处理呢？在mae里我看到有3个选项：保留原有手性，从化合物三维结构决定或自动产生所有（这三个我也不知道选哪个？）。在DS中好像没看到这项设置。

DS在做药效团的时候对于手性没有区别
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DS
3楼2012-02-28 12:56:02
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-28 14:56:03
catalyst 独立程序出到4.10  而后整合进了DS 版本为4.11
软件是一样的
注意HipHop和HipGen的区别

第二个问题 个人认为需要注意手性，保持原有手性，原文没注明的尽量不用。这个问题尤其发文章时审稿人会问的。
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4楼2012-02-28 14:07:18
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