| 查看: 1268 | 回复: 0 | |||
muxiachuixue木虫 (正式写手)
|
[求助]
固定原子坐标优化出错，方法试尽，继续求助高手
|
|
至今未解决，继续发帖求助！ 课题是蛋白酶催化小分子反应过渡态的研究，我从蛋白质晶体结构里提取出氨基酸残基，加入反应物，组成初始构象，用HF/6-31g+(d,p)优化，为了使氨基酸残基在优化过程中不至于偏离晶体结构太多，我用modredundant固定了一些原子的坐标，但优化到第九步报错： Old curvilinear step not converged, using linear step Error imposing constraints Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Mon Feb 20 14:13:47 2012. 以下附上我的gjf文件和out文件，问三个问题: 1.为何会报错？而且我发现我所固定的几个原子，在优化过程中相对距离发生了较小变化，并没完全固定，为何？ 2.用gaussview5.0打开out文件，出现：Unresolvable inconsistency between charge and multiplicity and orbital occupancies.Orbital data will be ignored.我的电荷设为-4，自旋多重度是1，应该没错啊，怎么会如此报错？ 3.用gaussview5.0打开out文件，出现：Invalid ModRedundant coordinate detected on line 180. It will be removed.请问这是为何？ 此问题已困扰我多日，各种固定原子的方法我都试了，但基本上还是会出现类似的问题，求教大侠，感激不尽啊！！ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : UGT-Phenol_HF_initial1.gjf
- 附件 2 : UGT-Phenol_HF_initial1.out
2012-02-20 19:47:23, 5.11 K
2012-02-20 19:47:25, 495.57 K
» 猜你喜欢
深圳理工大学招聘AI4Science与分子模拟方向科研人员
已经有0人回复
-
全奖博士 英国利物浦大学 × 台湾清华大学 联合培养
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有244人回复
-
寻博导
已经有13人回复
-
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书
已经有9人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有2人回复
-
文献求助
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
求助：请问各位高手在高斯09中优化单个分子时如何把一部分的参数固定了，优化其他部分
已经有12人回复
- Castep 优化时，原子坐标位置的优化
已经有10人回复
- 求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了
已经有16人回复
- vasp进行固定某些原子的某些坐标的结构优化
已经有5人回复
- 【求助】加了虚原子要怎么固定键长优化
已经有14人回复
- 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内
已经有9人回复
- 【求助】Materials studio 5.0在做优化时能不能固定部分原子坐标？
已经有4人回复
- 【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题
已经有10人回复
- 【求助】关于晶胞中取代一个原子的优化问题
已经有14人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
10