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森然晶

铜虫 (小有名气)

[求助] 为什么用ortep-3画的图在不该成键的地方成键?

各位虫友们好!偶尔接触到ortep-3这个软件,用从ICSD导出的磷酸铁锂的CIF文件,导入到ortep-3中作热椭球图(附件中给出),怎么在不该成键的地方成键了?磷酸铁锂由PO4和FeO6基元组成,现在怎么出现了P-Li键,Li-Li键?与MS中输入原子坐标画出来的晶胞图很不一样,这是怎么回事?敬请各位虫友老师解答!

用从ICSD导出的磷酸铁锂的CIF文件,导入到ortep-3中作的热椭球图(unit cell contents—user difine—1*1*1模式呈现)
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森然晶

铜虫 (小有名气)


drg1984(金币+1): 问题很清晰,希望有人能够帮到你! 2012-02-09 17:34:46
继续给出用“use asymmetric unit"模式显示的椭球图,P-Li键非常明显,并且没有原子与O2成键,对这些觉得很茫然!恳切求教!

用“use asymmetric unit"模式显示的椭球图

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2楼2012-02-09 16:12:58
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森然晶

铜虫 (小有名气)

自己顶起来!
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3楼2012-02-09 16:43:03
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)

看看能不能修改键长
淡泊名利,宁静致远。
4楼2012-02-09 19:39:33
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在style下拉框里面有个change Ortep parameters, 可以改一下maximum 和minimum 的键长,然后还可以改一些别的
学无止境
5楼2012-02-10 01:14:08
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森然晶

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by cluster8676 at 2012-02-10 01:14:08:
在style下拉框里面有个change Ortep parameters, 可以改一下maximum 和minimum 的键长,然后还可以改一些别的

根据您提示的改变了最大最小键长(根据GSAS精修后的Fe-O,P-O键长),情况好了一些,但还是与MS中给出的结构图不符:Fe与5个O成键而非组成FeO6; P与3个O成键而非组成PO4,并且仍然有大量Li-O键(私下认为是Li-O键长包含在所设最大最小键长区间内所致),敢问楼上老师,还需要改变哪些参数,根据什么改变呢?
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6楼2012-02-10 19:20:46
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森然晶

铜虫 (小有名气)

下面附上键长修改情况及修改后的结构图

修改键长后的磷酸铁锂结构图



键长修改截图

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7楼2012-02-10 19:23:40
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 森然晶 at 2012-02-09 23:23:40:
下面附上键长修改情况及修改后的结构图

修改键长后的磷酸铁锂结构图

键长修改截 ...

Style 下面有个delete selected bonds 看看能不能把这些不该有的键删掉。 我也遇到过类似的情况,尤其是结构式grow出来的,没有什么好办法。最后我用PS搞的。。。。。。
学无止境
8楼2012-02-10 20:11:44
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waldenburgcn

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流,欢迎常来晶体版 2013-01-09 10:33:27
我刚也遇到这个问题,研究了一下,解决了。选择style-Delete Selected Bonds,这时进入“Delete Bonds”模式,屏幕右边会出来一个菜单。用鼠标选中一个原子,这时该原子上会出现一个红点标记,同时屏幕右侧菜单的Atom1会显示该选中原子的编号。同理选中第二个原子。此时,连接这两个原子的键会用红色标记出来。同理可以选择第二个键。选好后,按鼠标中键(没有中键按滚轮),则选中的键就被删除了。注意,按右侧菜单中的exit是没有用的。
9楼2013-01-09 05:07:15
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