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liogerrow木虫 (著名写手)
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[求助]
关于分子动力学模拟中的MSD问题
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我使用MS的Forcite模块对某环氧树脂分子在某材料表面的动力学模拟，然后对树脂分子进行分析，求其MSD对时间曲线。 按照之前所看资料文献，MSD对时间曲线应该是一条直线，但我得出的曲线是一类似正弦余弦的波浪线。但据观察，每天“上坡线”的斜率近似相等。 材料表面的模型我没有采用周期性模型，只是建了一块面积较大的平面模型，然后将其四周的原子固定，然后进行动力学模拟计算。 想请教分子模拟大牛，我这个结果是否正常？ 我能否认为这些斜率就是对应于正常MSD曲线的斜率，可以用它计算扩散率？ |
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wuliyangjianyu
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【答案】应助回帖
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liogerrow(金币+10): ★★★很有帮助 多谢指点！ 2012-02-02 17:10:53
liogerrow(金币+10): ★★★很有帮助 多谢指点！ 2012-02-02 17:10:53
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个人认为，造成这种现象的是两个原因中的一个： （1）边界条件的影响，因你的模拟不是周期性边界，原子扩散时，到达边界，又回来了，这样造成扩散后，原子离出发点的距离周期性的变大或变小。如果要解决，我个人认为应做周期性边界条件才合理。 （2）第二个原因可能是模拟的时间不够。实际上要得到MSD~t个关系是直线，一般需很长时间，当然要看扩散系数的大小。如果是正常大小的扩散系数，如10^（-3）cm^2/s数量级，大概要模拟到微秒数量级。 从你的描述上看，我觉得第一种原因的可能性较大。如果是第一种原因，则可认为这些斜率就是对应于正常MSD曲线的斜率，可以用它计算扩散率。 |
2楼2012-02-02 10:02:28
