| 查看: 2605 | 回复: 1 | |||
liogerrow木虫 (著名写手)
|
[求助]
关于分子动力学模拟中的MSD问题
|
|
我使用MS的Forcite模块对某环氧树脂分子在某材料表面的动力学模拟，然后对树脂分子进行分析，求其MSD对时间曲线。 按照之前所看资料文献，MSD对时间曲线应该是一条直线，但我得出的曲线是一类似正弦余弦的波浪线。但据观察，每天“上坡线”的斜率近似相等。 材料表面的模型我没有采用周期性模型，只是建了一块面积较大的平面模型，然后将其四周的原子固定，然后进行动力学模拟计算。 想请教分子模拟大牛，我这个结果是否正常？ 我能否认为这些斜率就是对应于正常MSD曲线的斜率，可以用它计算扩散率？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MOFs 相关 |
» 猜你喜欢
今天放榜吗？
已经有13人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有9人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有8人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有115人回复
-
2027广东省杰青
已经有10人回复
-
朋友圈看到的
已经有8人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有14人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有30人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有7人回复
-
什么时候开奖？
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学模拟长程库仑势的处理问题
已经有8人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【求助】关于分子动力学模拟疑惑
已经有6人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【交流】【评论】大家认为计算机模拟(相场、分子动力学等)比实验难做么???
已经有19人回复
- 【讨论】大家好，加水后跑完分子动力学，在log中发现了问题
已经有15人回复
- 【求助】关于vasp进行分子动力学模拟的求助
已经有12人回复
- 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
已经有11人回复
- 【求助】分子动力学中体系温度不断增加?
已经有16人回复
- 【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题
已经有14人回复
wuliyangjianyu
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6740.9
- 红花: 1
- 帖子: 283
- 在线: 62小时
- 虫号: 159375
- 注册: 2006-01-07
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的合金相、相变及
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
liogerrow(金币+10): ★★★很有帮助 多谢指点！ 2012-02-02 17:10:53
liogerrow(金币+10): ★★★很有帮助 多谢指点！ 2012-02-02 17:10:53
|
个人认为，造成这种现象的是两个原因中的一个： （1）边界条件的影响，因你的模拟不是周期性边界，原子扩散时，到达边界，又回来了，这样造成扩散后，原子离出发点的距离周期性的变大或变小。如果要解决，我个人认为应做周期性边界条件才合理。 （2）第二个原因可能是模拟的时间不够。实际上要得到MSD~t个关系是直线，一般需很长时间，当然要看扩散系数的大小。如果是正常大小的扩散系数，如10^（-3）cm^2/s数量级，大概要模拟到微秒数量级。 从你的描述上看，我觉得第一种原因的可能性较大。如果是第一种原因，则可认为这些斜率就是对应于正常MSD曲线的斜率，可以用它计算扩散率。 |
2楼2012-02-02 10:02:28
