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金虫 (小有名气)

[求助] 混合膜建模求助

版上高手们大家好！
小女子刚刚接触NAMD不久。最近老板要我重复别人的混合膜模拟的结果。

但是文章中写道“平衡好膜以后，随机选择24个POPC膜分子换成POPG膜分子”请问大家这是怎么做到的呢？有人这样做过吗？我知道CHARMM-GUI可以直接做出来未平衡的混合膜，可是利用平衡好的膜怎样做出混合的膜呢？小女子这厢先谢过了！

文献：
J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3267–3273

[ Last edited by sjnyongle on 2012-1-26 at 07:29 ]

1楼 2012-01-26 07:23:28

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荣誉版主 (职业作家)

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 20:41:37
sjnyongle(金币+5): ★★★很有帮助谢谢！ 2012-02-07 04:22:39

packmol 建模，按照文献的比例建立初始模型，自己做平衡

2楼2012-02-06 07:55:18

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金虫 (小有名气)

我想请教您在用charmm-gui给有配体的受体加膜时该如何处理配体啊？我的受体里有配体它不能识别，报错说立场不正常终断。谢谢了！

3楼2012-02-08 09:09:38

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