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铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 1506850
注册: 2011-11-23
专业: 生物化学

[求助] 用perl 统计dna三核苷酸频数

我的文件是一行序列信息，一行序列。信息以>开头，接下来是核苷酸序列。程序如下，可计算结果前几条都没有问题，后面的计算结果就错了，请问这个程序问题在哪？谢谢！
#!/usr/bin/perl-w
use strict;
my @n =qw(a c g t);
my ($a, $frag, @frag, $f, $i, $j, $k, $r, $trint, %count);
open (MSET, "F:\\m.txt"

;
open (OUT, ">F:\\64m.txt"

;

while ({
   chomp;
   if(/^>/){next;}
   for ($a=0; $a<=(length($_)-3); $a++){
      $frag[$a]= substr($_, $a, 3);
      # print "$frag[$a]\t";
   }
   #print "\n";

   for ($i=0; $i<4; $i++){
      for ($j=0; $j<4; $j++){
            for ($k=0; $k<4; $k++){
               $trint = $n[$i].$n[$j].$n[$k];
               #print "$trint\n";
               $count{$trint}=0;
               foreach $frag(@frag){
                        if ($trint =~/$frag/){
                           $count{$trint} +=1;
                        }
                        # print "$trint is $count{$trint} \n";
               }
            }
         }
   }

   foreach $f(sort keys %count){
            print OUT "$f\t";
   }
   print OUT "\n";
   foreach $f(sort keys %count){
            print OUT "$count{$f}\t";
   }
   print OUT "\n";
}
close MSET;
close OUT;

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