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用perl 统计dna三核苷酸频数
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我的文件是一行序列信息，一行序列。信息以>开头，接下来是核苷酸序列。程序如下，可计算结果前几条都没有问题，后面的计算结果就错了，请问这个程序问题在哪？谢谢！ #!/usr/bin/perl-w use strict; my @n =qw(a c g t); my ($a, $frag, @frag, $f, $i, $j, $k, $r, $trint, %count); open (MSET, "F:\\m.txt"  ;open (OUT, ">F:\\64m.txt" ;while ( chomp; if(/^>/){next;} for ($a=0; $a<=(length($_)-3); $a++){ $frag[$a]= substr($_, $a, 3); # print "$frag[$a]\t"; } #print "\n"; for ($i=0; $i<4; $i++){ for ($j=0; $j<4; $j++){ for ($k=0; $k<4; $k++){ $trint = $n[$i].$n[$j].$n[$k]; #print "$trint\n"; $count{$trint}=0; foreach $frag(@frag){ if ($trint =~/$frag/){ $count{$trint} +=1; } # print "$trint is $count{$trint} \n"; } } } } foreach $f(sort keys %count){ print OUT "$f\t"; } print OUT "\n"; foreach $f(sort keys %count){ print OUT "$count{$f}\t"; } print OUT "\n"; } close MSET; close OUT; |
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