| 查看: 2297 | 回复: 7 | |||
[求助]
G09中计算AIM计算过渡金属原子和氢原子间作用的问题
|
|
以前从没进行过AIM计算，这次投的文章里审稿人提出用AIM计算一下，应该是想用AIM计算证实过渡金属原子和氢原子间存在相互作用。 从小木虫上现有的与AIM计算相关的文章里看，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1767755 这个帖子里给出了在Gaussian中计算AIM的方法，用AIM=all关键字实现，然而我计算的时候出错，出错信息为“ Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.” 换用较低的基组，则可以进行到输出“ I. ATTRACTORS”的部分，然后“FATAL ERROR: DUPLICATE CRITICAL POINTS FOUND: 50 41 ”609错误结束 计算的体系是IMes配位的Ni与另外一个分子之间的配位，重原子数34。对Ni原子使用了lanl2dz的ECP。 搜解决原因的时候看到各种说法 1. 计算软件不合适？有人提到Gaussian的AIM有问题，故应该用专业的AIM软件计算，然而免费的AIMPac需要编译（这个太复杂，搞不定）；AIMall免费的只能算10个以下的原子，AIM2000也是商业软件，故都不可行，平时并不用AIM分析所以也不可能因为这个去购买商业软件。 2.“芳香环片段高斯不可以做，会出错，高斯不可以算环状结构，可以使用aimall做 ”出自 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1781656 是否为真？如果是如此那就真是没办法了，是否有相关的文献说明这点呢。 3.也有提出ECP不能解决，但是http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2511503 提到“所有AIM软件都能支持ECP计算产生的wfn文件”，而且G09 的B01版本其实是可以产生可用的wfx文件 4.有人提出高斯中计算AIM不可信？ 我的问题总结来说就是 1. 能否用Gaussian09计算这个34个重原子含过渡金属Ni，且使用ECP的体系？ 2. 如果不能，是否有可用的免费软件且不太麻烦的可以进行计算？ 3.具体如何操作和读取相关信息？ 问题非常琐碎和麻烦，望哪位同仁能够不吝回答，非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
华南师范大学先进光电子研究院电子纸团队诚聘2026级博士研究生
已经有0人回复
-
QE利用声子计算的一系列lambda和Tc如何选
已经有8人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有282人回复
-
理论计算合作
已经有2人回复
-
小木虫的论文辅导靠谱吗？有没有用过的同学？
已经有1人回复
-
QE计算声子ph.out的Γ点出现虚频（-30cm-1）vasp计算没有
已经有0人回复
-
40-50万/年，中国散裂中子源诚聘计算模拟方向博士后
已经有81人回复
-
书籍求助：汽车市场营销理论与实务（电子版）——章小平
已经有0人回复
-
七嗪类物质合成求助
已经有0人回复
-
东方理-中科大联合博士生招聘
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
【求助】测纯金属电阻率的方法
已经有5人回复- CASTEP在计算是出现问题啦，求大侠帮忙啊。。。
已经有13人回复
- 纯理论计算投稿的问题
已经有21人回复
- 两个表面之间作用能或原子吸附能的计算疑惑
已经有9人回复
- G09集群计算结果的chk文件转换问题
已经有7人回复
- 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
已经有105人回复
- 【求助】ROHF SCF(DM) 计算过渡金属、镧系、锕系元素原子
已经有7人回复
- 【求助】dmol3计算过渡金属
已经有12人回复
- 【求助】求助过渡金属掺杂的计算
已经有4人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-12-16 18:52:25
gmy1990(金币+3): 2011-12-16 18:52:25
|
无论高斯自带的AIM模块能不能正常分析某个体系，我都不建议用，这个模块年久失修，速度、可靠性、稳定性都比较低。 如果不需要做盆积分，使用Multiwfn做AIM分析是最佳选择，操作与AIM2000一样方便，而速度比AIMALL还要快得多。 对于过渡金属使用赝势的情况，对于LANL2这样小核赝势，直接用各种AIM软件去分析价层性质都是可以的，例如Journal of Computational Chemistry, Vol. 18, No. 3, 416]429 (1996)文中给出了确切的结论（SC代表small core）： For transition metals, the electron density obtained from a SC-ECP calculation is good enough to reproduce not only the correct topology of the metal]ligand bonds but the values of the local properties as well 在G09 B01及之后版本中支持wfx格式，会自动将事先拟合好的内核密度写进去，使得分析结果和全电子计算十分一致，见J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12879–12894。目前只有Multiwfn和AIMALL支持wfx格式下的拓扑分析。而至于G09自带的AIM模块，我虽然没试过，但是估计它自己都不支持内核密度的处理。 |
2楼2011-12-16 13:40:15
3楼2011-12-16 14:57:03
yjcmwgk
禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
- QC强帖: 38
- 应助: 165 (高中生)
- 贵宾: 16.999
- 金币: 553.8
- 散金: 39880
- 红花: 395
- 沙发: 2
- 帖子: 10406
- 在线: 1528.1小时
- 虫号: 448368
- 注册: 2007-11-01
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 科研工具资源
4楼2011-12-16 15:09:25
5楼2011-12-16 15:16:25
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009(金币+3): 2011-12-16 19:47:12
pleasant1789(金币+100): 感谢应助 2011-12-18 19:12:04
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009(金币+3): 2011-12-16 19:47:12
pleasant1789(金币+100): 感谢应助 2011-12-18 19:12:04
|
用Multiwfn做AIM分析的例子在手册第四章就有，也可以参考专题帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3890042&fpage=1 目前引用Multiwfn时引JCC上的介绍文章的doi号或者引网址都可以，等那文章正式期号出现后就建议直接引文章了。 之前我的回复用不着评分 |
6楼2011-12-16 18:01:43
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +457 - QC强帖: 12
- 应助: 86 (初中生)
- 金币: 12738.4
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4663
- 在线: 925.3小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
7楼2011-12-16 21:20:23
|
你好啊，我也最近在研究AIM问题，我看了一篇文献感觉跟您问的问题有点相像，他们也用AIM分析了过渡金属与氢原子形成的建的电子密度还有拉普拉量希望对你有所帮助。 http://g.zhubajie.com/ |
8楼2012-03-25 12:22:37