| 查看: 2583 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
G09中计算AIM计算过渡金属原子和氢原子间作用的问题
|
|||
|
以前从没进行过AIM计算，这次投的文章里审稿人提出用AIM计算一下，应该是想用AIM计算证实过渡金属原子和氢原子间存在相互作用。 从小木虫上现有的与AIM计算相关的文章里看，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1767755 这个帖子里给出了在Gaussian中计算AIM的方法，用AIM=all关键字实现，然而我计算的时候出错，出错信息为“ Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.” 换用较低的基组，则可以进行到输出“ I. ATTRACTORS”的部分，然后“FATAL ERROR: DUPLICATE CRITICAL POINTS FOUND: 50 41 ”609错误结束 计算的体系是IMes配位的Ni与另外一个分子之间的配位，重原子数34。对Ni原子使用了lanl2dz的ECP。 搜解决原因的时候看到各种说法 1. 计算软件不合适？有人提到Gaussian的AIM有问题，故应该用专业的AIM软件计算，然而免费的AIMPac需要编译（这个太复杂，搞不定）；AIMall免费的只能算10个以下的原子，AIM2000也是商业软件，故都不可行，平时并不用AIM分析所以也不可能因为这个去购买商业软件。 2.“芳香环片段高斯不可以做，会出错，高斯不可以算环状结构，可以使用aimall做 ”出自 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1781656 是否为真？如果是如此那就真是没办法了，是否有相关的文献说明这点呢。 3.也有提出ECP不能解决，但是http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2511503 提到“所有AIM软件都能支持ECP计算产生的wfn文件”，而且G09 的B01版本其实是可以产生可用的wfx文件 4.有人提出高斯中计算AIM不可信？ 我的问题总结来说就是 1. 能否用Gaussian09计算这个34个重原子含过渡金属Ni，且使用ECP的体系？ 2. 如果不能，是否有可用的免费软件且不太麻烦的可以进行计算？ 3.具体如何操作和读取相关信息？ 问题非常琐碎和麻烦，望哪位同仁能够不吝回答，非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有168人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有4人回复
-
河海大学 （211.双一流高校）钙钛矿光电实验室丁勇团队欢迎有志青年！
已经有3人回复
-
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】测纯金属电阻率的方法
已经有5人回复
- CASTEP在计算是出现问题啦，求大侠帮忙啊。。。
已经有13人回复
- 纯理论计算投稿的问题
已经有21人回复
- 两个表面之间作用能或原子吸附能的计算疑惑
已经有9人回复
- G09集群计算结果的chk文件转换问题
已经有7人回复
- 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
已经有105人回复
- 【求助】ROHF SCF(DM) 计算过渡金属、镧系、锕系元素原子
已经有7人回复
- 【求助】dmol3计算过渡金属
已经有12人回复
- 【求助】求助过渡金属掺杂的计算
已经有4人回复
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +458 - QC强帖: 12
- 应助: 88 (初中生)
- 金币: 13061.7
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4673
- 在线: 927.2小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
7楼2011-12-16 21:20:23
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-12-16 18:52:25
gmy1990(金币+3): 2011-12-16 18:52:25
|
无论高斯自带的AIM模块能不能正常分析某个体系，我都不建议用，这个模块年久失修，速度、可靠性、稳定性都比较低。 如果不需要做盆积分，使用Multiwfn做AIM分析是最佳选择，操作与AIM2000一样方便，而速度比AIMALL还要快得多。 对于过渡金属使用赝势的情况，对于LANL2这样小核赝势，直接用各种AIM软件去分析价层性质都是可以的，例如Journal of Computational Chemistry, Vol. 18, No. 3, 416]429 (1996)文中给出了确切的结论（SC代表small core）： For transition metals, the electron density obtained from a SC-ECP calculation is good enough to reproduce not only the correct topology of the metal]ligand bonds but the values of the local properties as well 在G09 B01及之后版本中支持wfx格式，会自动将事先拟合好的内核密度写进去，使得分析结果和全电子计算十分一致，见J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12879–12894。目前只有Multiwfn和AIMALL支持wfx格式下的拓扑分析。而至于G09自带的AIM模块，我虽然没试过，但是估计它自己都不支持内核密度的处理。 |
2楼2011-12-16 13:40:15
3楼2011-12-16 14:57:03
yjcmwgk
禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
- QC强帖: 38
- 应助: 165 (高中生)
- 贵宾: 16.999
- 金币: 555.4
- 散金: 39880
- 红花: 395
- 沙发: 2
- 帖子: 10406
- 在线: 1528.1小时
- 虫号: 448368
- 注册: 2007-11-01
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 科研工具资源
4楼2011-12-16 15:09:25
